9b6958624673a00fdbe8447b7167e08301fd84bb
baertsch
  Fri May 20 13:31:58 2011 -0700
retro track changes to add ucscRetroOrtho table and hgc, hgTrackUI changes.
diff --git src/hg/lib/makefile src/hg/lib/makefile
index dfeeba3..c467bee 100644
--- src/hg/lib/makefile
+++ src/hg/lib/makefile
@@ -62,50 +62,50 @@
     ld.o ld2.o lfs.o liftOver.o liftOverChain.o liftUp.o \
     llaInfo.o lsSnpPdb.o lsSnpPdbChimera.o mafFrames.o mafGene.o mafSummary.o \
     makeItemsItem.o mammalPsg.o mapSts.o \
     mcnBreakpoints.o mdb.o metaChromGraph.o microarray.o \
     minChromSize.o minGeneInfo.o mrnaMisMatch.o \
     mouseOrtho.o mouseSyn.o mouseSynWhd.o mysqlTableStatus.o \
     netAlign.o netCart.o nonCodingUi.o omimTitle.o ooUtils.o orthoAlleles.o \
     pal.o pbStamp.o pcrResult.o pepPred.o plasEndPairs.o \
     polyGenotype.o protFeat.o pscreen.o \
     pseudoGeneLink.o pslReader.o pslWScore.o putaInfo.o qaSeq.o \
     rangeTreeFile.o rankProp.o recombRate.o recombRateRat.o recombRateMouse.o \
     refLink.o refSeqStatus.o \
     rgdQtl.o rgdQtl.o rgdQtl.o rgdQtl.o rgdQtl.o rgdQtl.o rgdQtl.o \
     rgdQtl.o riken.o rhMapZfishInfo.o rikenBest.o rikenCluster.o rmskOut.o \
     rnaFold.o rnaGene.o rnaGroup.o rnaHybridization.o rnaPLFold.o tRNAs.o gbRNAs.o snoRNAs.o lowelabPfamHit.o lowelabArkinOperonScore.o lowelabTIGROperonScore.o \
-    rnaSecStr.o tfbsConsFactors.o retroMrnaInfo.o \
+    rnaSecStr.o tfbsConsFactors.o \
     roughAli.o transMapStuff.o transMapInfo.o transMapGene.o transMapSrc.o \
     sage.o sageCounts.o sageExp.o samAlignment.o sample.o \
     sanger22extra.o sangerGene.o sangerGeneToWBGeneID.o  sargassoSeaXra.o \
     scopDes.o scoredRef.o search.o sgdAbundance.o \
     sgdClone.o sgdDescription.o sgdOther.o simpleNucDiff.o simpleRepeat.o \
     snp.o snp125.o snp125CodingCoordless.o snp132Ext.o snpExceptions.o snpFasta.o snpMap.o snpTmp.o \
     snpUi.o snp125Exceptions.o snp125Ui.o softPromoter.o softberryHom.o \
     spDb.o splignAlign.o stanMad.o stsAlias.o \
     stsInfo.o stsInfo2.o stsInfoMouse.o stsInfoMouseNew.o stsInfoRat.o \
     stsMap.o stsMapMouse.o stsMapMouseNew.o stsMapRat.o stsMarker.o suggest.o \
     switchDbTss.o synMap.o synteny100000.o syntenyBerk.o syntenySanger.o \
     sqlProg.o tfbsCons.o tfbsConsSites.o \
     tableDescriptions.o tableStatus.o targetDb.o tfbsConsMap.o \
     taxonDivision.o taxonGeneticCode.o taxonName.o taxonNode.o taxonXref.o \
     tigrCmrGene.o tigrOperon.o tilingPath.o traceInfo.o trackDb.o \
     trackDbCustom.o trackHub.o trackLayout.o trackTable.o trackVersion.o trashDir.o \
     transRegCode.o transRegCodeCondition.o \
     transRegCodeProbe.o txCluster.o txCommon.o txEdgeBed.o \
-    txEdgeOrtho.o txGraph.o txInfo.o txRnaAccs.o \
+    txEdgeOrtho.o txGraph.o txInfo.o txRnaAccs.o ucscRetroInfo.o ucscRetroOrtho.o \
     validateGisaid.o vegaInfo.o vegaInfoZfish.o visiGene.o vntr.o \
     wabAli.o web.o ncRna.o wgRna.o wigAsciiToBinary.o wigDataStream.o wiggle.o \
     wiggleCart.o wiggleUtils.o wikiLink.o wikiTrack.o yaleGencodeAssoc.o \
     zdobnovSynt.o oreganno.o \
     oregannoUi.o gvUi.o gv.o omicia.o protVar.o pgSnp.o \
     alignInfo.o cddInfo.o loweutils.o cddDesc.o arCOGs.o arcogdesc.o geneTree.o \
     megablastInfo.o pgPhenoAssoc.o pgSiftPred.o pgPolyphenPred.o variome.o
 
 ifeq (${GBROWSE}, 1)
   GBROWSE_D=-DGBROWSE
 else
   GBROWSE_D=
 endif
 
 %.o: %.c