d2c7e8be3ceae6027a5274faafdf6239d778cc63
aamp
  Sat Jul 16 08:31:16 2011 -0700
Changes related to change source filenames around: bamUdc.ch -> bamFile.ch and bamFile.ch -> hgBam.ch
diff --git src/lib/makefile src/lib/makefile
index 3574bb1..98ed15a 100644
--- src/lib/makefile
+++ src/lib/makefile
@@ -1,58 +1,58 @@
 include ../inc/common.mk
 
 
-O = aliType.o apacheLog.o asParse.o axt.o axtAffine.o bamUdc.o base64.o \
+O = aliType.o apacheLog.o asParse.o axt.o axtAffine.o bamFile.o base64.o \
     basicBed.o bbiRead.o bbiWrite.o bigBed.o binRange.o bits.o blastOut.o \
     blastParse.o boxClump.o boxLump.o bPlusTree.o bwgCreate.o bwgQuery.o bwgValsOnChrom.o \
     cda.o chain.o chainBlock.o chainConnect.o chainToAxt.o chainToPsl.o \
     cheapcgi.o cirTree.o codebias.o colHash.o common.o correlate.o crTree.o \
     dgRange.o diGraph.o dlist.o dnaLoad.o dnaMarkov.o dnaMotif.o dnaseq.o \
     dnautil.o dtdParse.o dystring.o \
     emblParse.o errCatch.o errabort.o \
     fa.o ffAli.o ffScore.o filePath.o fixColor.o flydna.o fof.o \
     font/mgCourier10.o font/mgCourier12.o font/mgCourier14.o font/mgCourier18.o \
     font/mgCourier24.o font/mgCourier34.o font/mgCourier8.o font/mgHelvetica10.o \
     font/mgHelvetica12.o font/mgHelvetica14.o font/mgHelvetica18.o font/mgHelvetica24.o \
     font/mgHelvetica34.o font/mgHelvetica8.o font/mgHelveticaBold10.o font/mgHelveticaBold12.o \
     font/mgHelveticaBold14.o font/mgHelveticaBold18.o font/mgHelveticaBold24.o \
     font/mgHelveticaBold34.o font/mgHelveticaBold8.o font/mgSixhi6.o font/mgSail8.o \
     font/mgTimes10.o font/mgTimes12.o font/mgTimes14.o font/mgTimes18.o \
     font/mgTimes24.o font/mgTimes34.o font/mgTimes8.o \
     fuzzyShow.o \
     gapCalc.o gdf.o gemfont.o genomeRangeTree.o \
     gfNet.o gff.o gff3.o gfxPoly.o gifLabel.o \
     hacTree.o hash.o histogram.o hmmPfamParse.o hmmstats.o htmlPage.o htmshell.o \
     https.o intExp.o intValTree.o internet.o itsa.o \
     jointalign.o jpegSize.o keys.o knetUdc.o kxTok.o linefile.o localmem.o log.o \
     maf.o mafFromAxt.o mafScore.o md5.o memalloc.o memgfx.o metaWig.o mgCircle.o \
     mgPolygon.o mime.o net.o nib.o nibTwo.o nt4.o numObscure.o \
     obscure.o oldGff.o oligoTm.o options.o osunix.o pairHmm.o peakCluster.o \
     phyloTree.o pipeline.o portimpl.o pngwrite.o psGfx.o psPoly.o pscmGfx.o \
     psl.o pslGenoShow.o pslShow.o pslTbl.o pslTransMap.o pthreadWrap.o \
     qa.o quickHeap.o quotedP.o \
     ra.o rainbow.o rbTree.o rangeTree.o regexHelper.o repMask.o \
     rle.o rnautil.o rqlEval.o rqlParse.o rudp.o \
     scoreWindow.o seg.o seqOut.o seqStats.o servBrcMcw.o servCrunx.o \
     servcis.o servcl.o servmsII.o servpws.o shaRes.o slog.o snof.o \
     snofmake.o snofsig.o spaceSaver.o spacedColumn.o spacedSeed.o \
     splatAli.o sqlList.o sqlNum.o subText.o sufa.o sufx.o synQueue.o \
     tabRow.o textOut.o tokenizer.o trix.o twoBit.o \
     udc.o vcf.o vGfx.o vPng.o verbose.o \
     wildcmp.o wormdna.o \
     xAli.o xa.o xap.o xenshow.o xmlEscape.o xp.o zlibFace.o
 
 $(MACHTYPE)/jkweb.a: $(O) $(MACHTYPE)
 	ar rcus $(MACHTYPE)/jkweb.a $(O)
 
 $(MACHTYPE):
 	mkdir $(MACHTYPE)
 
 test:
 	cd tests && ${MAKE} test
 
 clean:
 	rm -f ${O} $(MACHTYPE)/jkweb.a
 	cd tests && ${MAKE} clean
 
 tags:
 	etags ../inc/*.h ../lib/*.h ../lib/*.c  ../hg/inc/*.h ../hg/lib/*.h ../hg/lib/*.c ../hg/hgTracks/*.c ../hg/hgc/*.c ../hg/hgTrackUi/*.c