f92648822a44b6a4e186a022cd6a79f8973d5641
Merge parents 912cb8e f727744
chinhli
  Fri Apr 13 09:42:15 2012 -0700
Merge branch 'master' into chinhli-hgLogin
diff --cc src/hg/lib/makefile
index 8beaa2a,9a66fb7..df6c64f
--- src/hg/lib/makefile
+++ src/hg/lib/makefile
@@@ -85,34 -86,34 +86,34 @@@
      sgdClone.o sgdDescription.o sgdOther.o simpleNucDiff.o simpleRepeat.o \
      snp.o snp125.o snp125CodingCoordless.o snp132Ext.o snpExceptions.o snpFasta.o snpMap.o snpTmp.o \
      snpUi.o snp125Exceptions.o snp125Ui.o softPromoter.o softberryHom.o \
      spDb.o splignAlign.o stanMad.o stsAlias.o \
      stsInfo.o stsInfo2.o stsInfoMouse.o stsInfoMouseNew.o stsInfoRat.o \
      stsMap.o stsMapMouse.o stsMapMouseNew.o stsMapRat.o stsMarker.o suggest.o \
      switchDbTss.o synMap.o synteny100000.o syntenyBerk.o syntenySanger.o \
      sqlProg.o tfbsCons.o tfbsConsSites.o \
      tableDescriptions.o tableStatus.o targetDb.o tfbsConsMap.o \
      taxonDivision.o taxonGeneticCode.o taxonName.o taxonNode.o taxonXref.o \
      tigrCmrGene.o tigrOperon.o tilingPath.o traceInfo.o trackDb.o \
      trackDbCustom.o trackHub.o trackLayout.o trackTable.o trackVersion.o trashDir.o \
      transRegCode.o transRegCodeCondition.o \
      transRegCodeProbe.o txCluster.o txCommon.o txEdgeBed.o \
      txEdgeOrtho.o txGraph.o txInfo.o txRnaAccs.o ucscRetroInfo.o ucscRetroOrtho.o \
-     validateGisaid.o vcfUi.o vegaInfo.o vegaInfoZfish.o visiGene.o vntr.o \
+     validateGisaid.o variant.o vcfUi.o vegaInfo.o vegaInfoZfish.o visiGene.o vntr.o \
      wabAli.o web.o ncRna.o wgRna.o wigAsciiToBinary.o wigDataStream.o wiggle.o \
      wiggleCart.o wiggleUtils.o wikiLink.o wikiTrack.o yaleGencodeAssoc.o \
 -    zdobnovSynt.o oreganno.o \
 +    zdobnovSynt.o oreganno.o hgLoginLink.o \
      oregannoUi.o gvUi.o gv.o omicia.o protVar.o pgSnp.o \
      alignInfo.o cddInfo.o loweutils.o cddDesc.o arCOGs.o arcogdesc.o geneTree.o \
      megablastInfo.o pgPhenoAssoc.o pgSiftPred.o pgPolyphenPred.o variome.o
  
  ifeq (${GBROWSE}, 1)
    GBROWSE_D=-DGBROWSE
  else
    GBROWSE_D=
  endif
  
  %.o: %.c
  	${CC} ${COPT} ${CFLAGS} ${GBROWSE_D} ${LOWELAB_DEFS} ${HG_DEFS} ${HG_WARN} ${HG_INC} ${XINC} -o $@ -c $<
  
  ../../lib/$(MACHTYPE)/jkhgap.a: $(O)
  	ar rcus ../../lib/$(MACHTYPE)/jkhgap.a $(O)