39e090676e60afcf302c046587af55b3f8926727
hiram
  Thu Jul 18 10:25:14 2013 -0700
checking in Robert's code refs #9741
diff --git src/hg/lib/makefile src/hg/lib/makefile
index 83d7e0f..c9399e6 100644
--- src/hg/lib/makefile
+++ src/hg/lib/makefile
@@ -67,30 +67,31 @@
     jgiGene.o \
     kgAlias.o kgColor.o kgProtAlias.o kgXref.o knownInfo.o knownMore.o knownToSuper.o \
     ld.o ld2.o lfs.o liftOver.o liftOverChain.o liftUp.o \
     llaInfo.o lsSnpPdb.o lsSnpPdbChimera.o mafFrames.o mafGene.o mafSummary.o \
     makeItemsItem.o mammalPsg.o mapSts.o \
     mcnBreakpoints.o mdb.o metaChromGraph.o microarray.o \
     minChromSize.o minGeneInfo.o mrnaMisMatch.o \
     mouseOrtho.o mouseSyn.o mouseSynWhd.o mysqlTableStatus.o \
     netAlign.o netCart.o nonCodingUi.o omimTitle.o ooUtils.o orthoAlleles.o \
     pal.o pbStamp.o pcrResult.o pepPred.o plasEndPairs.o \
     polyGenotype.o protFeat.o pscreen.o \
     pseudoGeneLink.o pslReader.o pslWScore.o putaInfo.o qaSeq.o \
     rangeTreeFile.o rankProp.o recombRate.o recombRateRat.o recombRateMouse.o \
     refLink.o refSeqStatus.o \
     rgdQtl.o riken.o rhMapZfishInfo.o rikenBest.o rikenCluster.o rmskOut.o \
+    rmskAlign.o rmskJoined.o rmskOut2.o \
     rnaFold.o rnaGene.o rnaGroup.o rnaHybridization.o rnaPLFold.o tRNAs.o gbRNAs.o snoRNAs.o lowelabPfamHit.o lowelabArkinOperonScore.o lowelabTIGROperonScore.o \
     rnaSecStr.o tfbsConsFactors.o \
     roughAli.o transMapStuff.o transMapInfo.o transMapGene.o transMapSrc.o \
     sage.o sageCounts.o sageExp.o samAlignment.o sample.o \
     sanger22extra.o sangerGene.o sangerGeneToWBGeneID.o  sargassoSeaXra.o \
     scopDes.o scoredRef.o search.o sgdAbundance.o \
     sgdClone.o sgdDescription.o sgdOther.o simpleNucDiff.o simpleRepeat.o \
     snp.o snp125.o snp125CodingCoordless.o snp132Ext.o snpExceptions.o snpFasta.o snpMap.o snpTmp.o \
     snpUi.o snp125Exceptions.o snp125Ui.o softPromoter.o softberryHom.o soTerm.o \
     spDb.o splignAlign.o stanMad.o stsAlias.o \
     stsInfo.o stsInfo2.o stsInfoMouse.o stsInfoMouseNew.o stsInfoRat.o \
     stsMap.o stsMapMouse.o stsMapMouseNew.o stsMapRat.o stsMarker.o suggest.o \
     switchDbTss.o synMap.o synteny100000.o syntenyBerk.o syntenySanger.o \
     sqlProg.o tfbsCons.o tfbsConsSites.o \
     tableDescriptions.o tableStatus.o targetDb.o tfbsConsMap.o \