1716da53dd77a0138a14c6e0293f0ff7d31d3358 angie Tue Apr 12 13:17:25 2016 -0700 Adding dbDbTaxonomy.pl along with makeDb/doc instructions for generating/updating two new JS files that contain phylogenetic trees for hgwdev's and rr's species. dbDbTaxonomy.pl uses taxIds extracted from hgcentral(test) to build a phylogenetic tree using NCBI Taxonomy database dump files. It finds ancestors of the hgcentral species' taxIds to build a tree, and adds node names to ancestor nodes. It assigns priorities to nodes based on a list of 'favored species' in the order we'd like to see them listed when the tree is traversed. Then it dumps out Javascript encoding the tree as recursive Arrays. The JS output can be included as a script in HTML. refs #15277 diff --git src/hg/js/dbDbTaxonomy.rr.js src/hg/js/dbDbTaxonomy.rr.js new file mode 100644 index 0000000..061b996 --- /dev/null +++ src/hg/js/dbDbTaxonomy.rr.js @@ -0,0 +1,530 @@ +/* jshint maxlen: false, unused: false */ +var dbDbTree = ["root", 1, null, +[ ["cellular organisms", 131567, null, + [ ["Eukaryota", 2759, null, + [ ["Opisthokonta", 33154, null, + [ ["Metazoa", 33208, null, + [ ["Eumetazoa", 6072, null, + [ ["Bilateria", 33213, null, + [ ["Deuterostomia", 33511, null, + [ ["Chordata", 7711, null, + [ ["Craniata", 89593, null, + [ ["Vertebrata", 7742, null, + [ ["Gnathostomata", 7776, null, + [ ["Teleostomi", 117570, null, + [ ["Euteleostomi", 117571, null, + [ ["Sarcopterygii", 8287, null, + [ ["Dipnotetrapodomorpha", 1338369, null, + [ ["Tetrapoda", 32523, null, + [ ["Amniota", 32524, null, + [ ["Mammalia", 40674, null, + [ ["Theria", 32525, null, + [ ["Eutheria", 9347, null, + [ ["Boreoeutheria", 1437010, null, + [ ["Euarchontoglires", 314146, null, + [ ["Primates", 9443, null, + [ ["Haplorrhini", 376913, null, + [ ["Simiiformes", 314293, null, + [ ["Catarrhini", 9526, null, + [ ["Hominoidea", 314295, null, + [ ["Hominidae", 9604, null, + [ ["Homininae", 207598, null, + [ ["Homo", 9605, null, + [ ["Human", 9606, "Homo sapiens" ] ] ], + ["Pan", 9596, null, + [ ["Chimp", 9598, "Pan troglodytes" ], + ["Bonobo", 9597, "Pan paniscus" ] ] ], + ["Gorilla", 9592, null, + [ ["Gorilla gorilla", 9593, null, + [ ["Gorilla", 9595, "Gorilla gorilla gorilla" ] ] ] ] ] ] ], + ["Ponginae", 607660, null, + [ ["Pongo", 9599, null, + [ ["Orangutan", 9601, "Pongo abelii" ] ] ] ] ] ] ], + ["Hylobatidae", 9577, null, + [ ["Nomascus", 325165, null, + [ ["Gibbon", 61853, "Nomascus leucogenys" ] ] ] ] ] ] ], + ["Cercopithecoidea", 314294, null, + [ ["Cercopithecidae", 9527, null, + [ ["Cercopithecinae", 9528, null, + [ ["Macaca", 9539, null, + [ ["Crab-eating macaque", 9541, "Macaca fascicularis" ], + ["Rhesus", 9544, "Macaca mulatta" ] ] ], + ["Papio", 9554, null, + [ ["Baboon (anubis)", 9555, "Papio anubis" ], + ["Papio hamadryas", 9557, null, + [ ["Baboon (hamadryas)", 9562, "Papio hamadryas hamadryas" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Platyrrhini", 9479, null, + [ ["Cebidae", 9498, null, + [ ["Callitrichinae", 9480, null, + [ ["Callithrix", 9481, null, + [ ["Marmoset", 9483, "Callithrix jacchus" ] ] ] ] ], + ["Saimiriinae", 378850, null, + [ ["Saimiri", 9520, null, + [ ["Saimiri boliviensis", 27679, null, + [ ["Squirrel monkey", 39432, "Saimiri boliviensis boliviensis" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Tarsiiformes", 376912, null, + [ ["Tarsiidae", 9475, null, + [ ["Tarsius", 9476, null, + [ ["Tarsier", 9478, "Tarsius syrichta" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Strepsirrhini", 376911, null, + [ ["Lemuriformes", 376915, null, + [ ["Cheirogaleidae", 30615, null, + [ ["Microcebus", 13149, null, + [ ["Mouse lemur", 30608, "Microcebus murinus" ] ] ] ] ] ] ], + ["Lorisiformes", 376917, null, + [ ["Galagidae", 40297, null, + [ ["Otolemur", 30610, null, + [ ["Bushbaby", 30611, "Otolemur garnettii" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Glires", 314147, null, + [ ["Rodentia", 9989, null, + [ ["Sciurognathi", 33553, null, + [ ["Muroidea", 337687, null, + [ ["Muridae", 10066, null, + [ ["Murinae", 39107, null, + [ ["Mus", 10088, null, + [ ["Mus", 862507, null, + [ ["Mouse", 10090, "Mus musculus" ] ] ] ] ], + ["Rattus", 10114, null, + [ ["Rat", 10116, "Rattus norvegicus" ] ] ] ] ] ] ], + ["Cricetidae", 337677, null, + [ ["Cricetinae", 10026, null, + [ ["Cricetulus", 10028, null, + [ ["Chinese hamster", 10029, "Cricetulus griseus" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Heteromyidae", 10015, null, + [ ["Dipodomyinae", 38662, null, + [ ["Dipodomys", 10016, null, + [ ["Kangaroo rat", 10020, "Dipodomys ordii" ] ] ] ] ] ] ], + ["Sciuridae", 55153, null, + [ ["Xerinae", 337726, null, + [ ["Marmotini", 337730, null, + [ ["Ictidomys", 1141640, null, + [ ["Squirrel", 43179, "Ictidomys tridecemlineatus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Hystricognathi", 33550, null, + [ ["Bathyergidae", 10167, null, + [ ["Heterocephalus", 10180, null, + [ ["Naked mole-rat", 10181, "Heterocephalus glaber" ] ] ] ] ], + ["Caviidae", 10139, null, + [ ["Cavia", 10140, null, + [ ["Guinea pig", 10141, "Cavia porcellus" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Lagomorpha", 9975, null, + [ ["Leporidae", 9979, null, + [ ["Oryctolagus", 9984, null, + [ ["Rabbit", 9986, "Oryctolagus cuniculus" ] ] ] ] ], + ["Ochotonidae", 9976, null, + [ ["Ochotona", 9977, null, + [ ["Pika", 9978, "Ochotona princeps" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Scandentia", 9392, null, + [ ["Tupaiidae", 9393, null, + [ ["Tupaia", 9394, null, + [ ["Tree shrew", 37347, "Tupaia belangeri" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Laurasiatheria", 314145, null, + [ ["Insectivora", 9362, null, + [ ["Erinaceidae", 9363, null, + [ ["Erinaceinae", 30577, null, + [ ["Erinaceus", 9364, null, + [ ["Hedgehog", 9365, "Erinaceus europaeus" ] ] ] ] ] ] ], + ["Soricidae", 9376, null, + [ ["Soricinae", 183663, null, + [ ["Sorex", 9379, null, + [ ["Shrew", 42254, "Sorex araneus" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Cetartiodactyla", 91561, null, + [ ["Suina", 35497, null, + [ ["Suidae", 9821, null, + [ ["Sus", 9822, null, + [ ["Pig", 9823, "Sus scrofa" ] ] ] ] ] ] ], + ["Ruminantia", 9845, null, + [ ["Pecora", 35500, null, + [ ["Bovidae", 9895, null, + [ ["Bovinae", 27592, null, + [ ["Bos", 9903, null, + [ ["Cow", 9913, "Bos taurus" ] ] ] ] ], + ["Caprinae", 9963, null, + [ ["Ovis", 9935, null, + [ ["Sheep", 9940, "Ovis aries" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Cetacea", 9721, null, + [ ["Mysticeti", 9761, null, + [ ["Balaenopteridae", 9765, null, + [ ["Balaenoptera", 9766, null, + [ ["Balaenoptera acutorostrata", 9767, null, + [ ["Minke whale", 310752, "Balaenoptera acutorostrata scammoni" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Odontoceti", 9722, null, + [ ["Delphinidae", 9726, null, + [ ["Tursiops", 9738, null, + [ ["Dolphin", 9739, "Tursiops truncatus" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Tylopoda", 9834, null, + [ ["Camelidae", 9835, null, + [ ["Vicugna", 30539, null, + [ ["Alpaca", 30538, "Vicugna pacos" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Perissodactyla", 9787, null, + [ ["Equidae", 9788, null, + [ ["Equus", 9789, null, + [ ["Equus", 35510, null, + [ ["Horse", 9796, "Equus caballus" ] ] ] ] ] ] ], + ["Rhinocerotidae", 9803, null, + [ ["Ceratotherium", 9806, null, + [ ["Ceratotherium simum", 9807, null, + [ ["White rhinoceros", 73337, "Ceratotherium simum simum" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Carnivora", 33554, null, + [ ["Caniformia", 379584, null, + [ ["Canidae", 9608, null, + [ ["Canis", 9611, null, + [ ["Canis lupus", 9612, null, + [ ["Dog", 9615, "Canis lupus familiaris" ] ] ] ] ] ] ], + ["Mustelidae", 9655, null, + [ ["Mustelinae", 169418, null, + [ ["Mustela", 9665, null, + [ ["Mustela putorius", 9668, null, + [ ["Ferret ", 9669, "Mustela putorius furo" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Ursidae", 9632, null, + [ ["Ailuropoda", 9645, null, + [ ["Panda", 9646, "Ailuropoda melanoleuca" ] ] ] ] ] ] ], + ["Feliformia", 379583, null, + [ ["Felidae", 9681, null, + [ ["Felinae", 338152, null, + [ ["Felis", 9682, null, + [ ["Cat", 9685, "Felis catus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Chiroptera", 9397, null, + [ ["Megachiroptera", 30559, null, + [ ["Pteropodidae", 9398, null, + [ ["Pteropodinae", 77225, null, + [ ["Pteropus", 9401, null, + [ ["Megabat", 132908, "Pteropus vampyrus" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Microchiroptera", 30560, null, + [ ["Vespertilionidae", 9431, null, + [ ["Myotis", 9434, null, + [ ["Microbat", 59463, "Myotis lucifugus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Afrotheria", 311790, null, + [ ["Proboscidea", 9779, null, + [ ["Elephantidae", 9780, null, + [ ["Loxodonta", 9784, null, + [ ["Elephant", 9785, "Loxodonta africana" ] ] ] ] ] ] ], + ["Sirenia", 9774, null, + [ ["Trichechidae", 9775, null, + [ ["Trichechus", 9776, null, + [ ["Trichechus manatus", 9778, null, + [ ["Manatee", 127582, "Trichechus manatus latirostris" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Hyracoidea", 9810, null, + [ ["Procaviidae", 9811, null, + [ ["Procavia", 9812, null, + [ ["Rock hyrax", 9813, "Procavia capensis" ] ] ] ] ] ] ], + ["Tenrecidae", 9369, null, + [ ["Tenrecinae", 176113, null, + [ ["Echinops", 9370, null, + [ ["Tenrec", 9371, "Echinops telfairi" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Xenarthra", 9348, null, + [ ["Cingulata", 948951, null, + [ ["Dasypodidae", 9359, null, + [ ["Dasypus", 9360, null, + [ ["Armadillo", 9361, "Dasypus novemcinctus" ] ] ] ] ] ] ], + ["Pilosa", 948950, null, + [ ["Folivora", 948953, null, + [ ["Megalonychidae", 227508, null, + [ ["Choloepus", 9357, null, + [ ["Sloth", 9358, "Choloepus hoffmanni" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Metatheria", 9263, null, + [ ["Diprotodontia", 38609, null, + [ ["Macropodidae", 9307, null, + [ ["Macropus", 9312, null, + [ ["Wallaby", 9315, "Macropus eugenii" ] ] ] ] ] ] ], + ["Dasyuromorphia", 38608, null, + [ ["Dasyuridae", 9277, null, + [ ["Sarcophilus", 9304, null, + [ ["Tasmanian devil", 9305, "Sarcophilus harrisii" ] ] ] ] ] ] ], + ["Didelphimorphia", 38605, null, + [ ["Didelphidae", 9265, null, + [ ["Didelphinae", 126287, null, + [ ["Monodelphis", 13615, null, + [ ["Opossum", 13616, "Monodelphis domestica" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Prototheria", 9254, null, + [ ["Monotremata", 9255, null, + [ ["Ornithorhynchidae", 9256, null, + [ ["Ornithorhynchus", 9257, null, + [ ["Platypus", 9258, "Ornithorhynchus anatinus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Sauropsida", 8457, null, + [ ["Sauria", 32561, null, + [ ["Archelosauria", 1329799, null, + [ ["Archosauria", 8492, null, + [ ["Dinosauria", 436486, null, + [ ["Saurischia", 436489, null, + [ ["Theropoda", 436491, null, + [ ["Coelurosauria", 436492, null, + [ ["Aves", 8782, null, + [ ["Neognathae", 8825, null, + [ ["Galloanserae", 1549675, null, + [ ["Galliformes", 8976, null, + [ ["Phasianidae", 9005, null, + [ ["Phasianinae", 9072, null, + [ ["Gallus", 9030, null, + [ ["Chicken", 9031, "Gallus gallus" ] ] ] ] ], + ["Meleagridinae", 466552, null, + [ ["Meleagris", 9102, null, + [ ["Turkey", 9103, "Meleagris gallopavo" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Passeriformes", 9126, null, + [ ["Passeroidea", 175121, null, + [ ["Estrildidae", 37611, null, + [ ["Estrildinae", 40155, null, + [ ["Taeniopygia", 59728, null, + [ ["Zebra finch", 59729, "Taeniopygia guttata" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Thraupidae", 400783, null, + [ ["Geospiza", 48881, null, + [ ["Medium ground finch", 48883, "Geospiza fortis" ] ] ] ] ] ] ], + ["Psittaciformes", 9223, null, + [ ["Psittaculidae", 1545690, null, + [ ["Melopsittacus", 13145, null, + [ ["Budgerigar", 13146, "Melopsittacus undulatus" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Palaeognathae", 8783, null, + [ ["Apterygiformes", 8819, null, + [ ["Apterygidae", 8820, null, + [ ["Apteryx", 8821, null, + [ ["Apteryx australis", 8822, null, + [ ["Brown kiwi", 202946, "Apteryx australis mantelli" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Crocodylia", 1294634, null, + [ ["Alligatoridae", 1294636, null, + [ ["Alligatorinae", 34915, null, + [ ["Alligator", 8495, null, + [ ["American alligator", 8496, "Alligator mississippiensis" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Testudines", 8459, null, + [ ["Cryptodira", 8464, null, + [ ["Durocryptodira", 1579337, null, + [ ["Testudinoidea", 8486, null, + [ ["Emydidae", 8476, null, + [ ["Chrysemys", 8477, null, + [ ["Chrysemys picta", 8479, null, + [ ["Painted turtle", 8478, "Chrysemys picta bellii" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Lepidosauria", 8504, null, + [ ["Squamata", 8509, null, + [ ["Bifurcata", 1329961, null, + [ ["Unidentata", 1329950, null, + [ ["Episquamata", 1329912, null, + [ ["Toxicofera", 1329911, null, + [ ["Iguania", 8511, null, + [ ["Iguanidae", 8515, null, + [ ["Polychrotinae", 81957, null, + [ ["Anolis", 28376, null, + [ ["Lizard", 28377, "Anolis carolinensis" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Amphibia", 8292, null, + [ ["Batrachia", 41666, null, + [ ["Anura", 8342, null, + [ ["Pipoidea", 30319, null, + [ ["Pipidae", 8352, null, + [ ["Xenopodinae", 8360, null, + [ ["Xenopus", 8353, null, + [ ["Silurana", 8363, null, + [ ["X. tropicalis", 8364, "Xenopus tropicalis" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Coelacanthimorpha", 118072, null, + [ ["Coelacanthiformes", 7894, null, + [ ["Coelacanthidae", 7895, null, + [ ["Latimeria", 7896, null, + [ ["Coelacanth", 7897, "Latimeria chalumnae" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Actinopterygii", 7898, null, + [ ["Actinopteri", 186623, null, + [ ["Neopterygii", 41665, null, + [ ["Teleostei", 32443, null, + [ ["Osteoglossocephalai", 1489341, null, + [ ["Clupeocephala", 186625, null, + [ ["Otomorpha", 186634, null, + [ ["Ostariophysi", 32519, null, + [ ["Otophysa", 186626, null, + [ ["Cypriniphysae", 186627, null, + [ ["Cypriniformes", 7952, null, + [ ["Cyprinoidea", 30727, null, + [ ["Cyprinidae", 7953, null, + [ ["Danio", 7954, null, + [ ["Zebrafish", 7955, "Danio rerio" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Euteleosteomorpha", 1489388, null, + [ ["Neoteleostei", 123365, null, + [ ["Eurypterygia", 123366, null, + [ ["Ctenosquamata", 123367, null, + [ ["Acanthomorphata", 123368, null, + [ ["Euacanthomorphacea", 123369, null, + [ ["Percomorphaceae", 1489872, null, + [ ["Eupercaria", 1489922, null, + [ ["Perciformes", 8111, null, + [ ["Cottioidei", 8100, null, + [ ["Gasterosteales", 1490020, null, + [ ["Gasterosteidae", 69291, null, + [ ["Gasterosteus", 69292, null, + [ ["Stickleback", 69293, "Gasterosteus aculeatus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Tetraodontiformes", 31022, null, + [ ["Tetraodontoidei", 31028, null, + [ ["Tetradontoidea", 32517, null, + [ ["Tetraodontidae", 31031, null, + [ ["Takifugu", 31032, null, + [ ["Fugu", 31033, "Takifugu rubripes" ] ] ], + ["Tetraodon", 47144, null, + [ ["Tetraodon", 99883, "Tetraodon nigroviridis" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Ovalentaria", 1489908, null, + [ ["Atherinomorphae", 1489913, null, + [ ["Beloniformes", 76071, null, + [ ["Adrianichthyoidei", 28781, null, + [ ["Adrianichthyidae", 47757, null, + [ ["Oryziinae", 8088, null, + [ ["Oryzias", 8089, null, + [ ["Medaka", 8090, "Oryzias latipes" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Cichlomorphae", 1489910, null, + [ ["Cichliformes", 1489911, null, + [ ["Cichlidae", 8113, null, + [ ["African cichlids", 319095, null, + [ ["Pseudocrenilabrinae", 318546, null, + [ ["Oreochromini", 1315725, null, + [ ["Oreochromis", 8139, null, + [ ["Nile tilapia", 8128, "Oreochromis niloticus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Paracanthomorphacea", 1489838, null, + [ ["Zeiogadaria", 1489841, null, + [ ["Gadariae", 1489843, null, + [ ["Gadiformes", 8043, null, + [ ["Gadoidei", 1489845, null, + [ ["Gadidae", 8045, null, + [ ["Gadus", 8048, null, + [ ["Atlantic cod", 8049, "Gadus morhua" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Chondrichthyes", 7777, null, + [ ["Holocephali", 7863, null, + [ ["Chimaeriformes", 7864, null, + [ ["Callorhinchidae", 7865, null, + [ ["Callorhinchus", 7866, null, + [ ["Elephant shark", 7868, "Callorhinchus milii" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Cyclostomata", 1476529, null, + [ ["Hyperoartia", 117569, null, + [ ["Petromyzontiformes", 7745, null, + [ ["Petromyzontidae", 7746, null, + [ ["Petromyzon", 7756, null, + [ ["Lamprey", 7757, "Petromyzon marinus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Cephalochordata", 7735, null, + [ ["Branchiostomidae", 7736, null, + [ ["Branchiostoma", 7737, null, + [ ["Lancelet", 7739, "Branchiostoma floridae" ] ] ] ] ] ] ], + ["Tunicata", 7712, null, + [ ["Ascidiacea", 7713, null, + [ ["Enterogona", 183770, null, + [ ["Phlebobranchia", 7716, null, + [ ["Cionidae", 7717, null, + [ ["Ciona", 7718, null, + [ ["C. intestinalis", 7719, "Ciona intestinalis" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Echinodermata", 7586, null, + [ ["Eleutherozoa", 133551, null, + [ ["Echinozoa", 7624, null, + [ ["Echinoidea", 7625, null, + [ ["Euechinoidea", 7638, null, + [ ["Echinacea", 7674, null, + [ ["Echinoida", 7675, null, + [ ["Strongylocentrotidae", 31181, null, + [ ["Strongylocentrotus", 7664, null, + [ ["S. purpuratus", 7668, "Strongylocentrotus purpuratus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Protostomia", 33317, null, + [ ["Ecdysozoa", 1206794, null, + [ ["Panarthropoda", 88770, null, + [ ["Arthropoda", 6656, null, + [ ["Mandibulata", 197563, null, + [ ["Pancrustacea", 197562, null, + [ ["Hexapoda", 6960, null, + [ ["Insecta", 50557, null, + [ ["Dicondylia", 85512, null, + [ ["Pterygota", 7496, null, + [ ["Neoptera", 33340, null, + [ ["Endopterygota", 33392, null, + [ ["Diptera", 7147, null, + [ ["Brachycera", 7203, null, + [ ["Muscomorpha", 43733, null, + [ ["Eremoneura", 480118, null, + [ ["Cyclorrhapha", 480117, null, + [ ["Schizophora", 43738, null, + [ ["Acalyptratae", 43741, null, + [ ["Ephydroidea", 43746, null, + [ ["Drosophilidae", 7214, null, + [ ["Drosophilinae", 43845, null, + [ ["Drosophilini", 46877, null, + [ ["Drosophilina", 46879, null, + [ ["Drosophiliti", 186285, null, + [ ["Drosophila", 7215, null, + [ ["Sophophora", 32341, null, + [ ["melanogaster group", 32346, null, + [ ["melanogaster subgroup", 32351, null, + [ ["D. melanogaster", 7227, "Drosophila melanogaster" ], + ["D. erecta", 7220, "Drosophila erecta" ], + ["D. sechellia", 7238, "Drosophila sechellia" ], + ["D. simulans", 7240, "Drosophila simulans" ], + ["D. yakuba", 7245, "Drosophila yakuba" ] ] ], + ["ananassae subgroup", 32347, null, + [ ["ananassae species complex", 545632, null, + [ ["D. ananassae", 7217, "Drosophila ananassae" ] ] ] ] ] ] ], + ["obscura group", 32355, null, + [ ["pseudoobscura subgroup", 32358, null, + [ ["D. persimilis", 7234, "Drosophila persimilis" ], + ["D. pseudoobscura", 7237, "Drosophila pseudoobscura" ] ] ] ] ] ] ], + ["Drosophila", 32281, null, + [ ["repleta group", 32321, null, + [ ["mulleri subgroup", 32324, null, + [ ["mojavensis species complex", 198037, null, + [ ["D. mojavensis", 7230, "Drosophila mojavensis" ] ] ] ] ] ] ], + ["virilis group", 32335, null, + [ ["D. virilis", 7244, "Drosophila virilis" ] ] ] ] ], + ["Hawaiian Drosophila", 504493, null, + [ ["picture wing clade", 48384, null, + [ ["grimshawi clade", 48301, null, + [ ["grimshawi group", 48302, null, + [ ["grimshawi subgroup", 32378, null, + [ ["D. grimshawi", 7222, "Drosophila grimshawi" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Nematocera", 7148, null, + [ ["Culicomorpha", 43786, null, + [ ["Culicoidea", 41827, null, + [ ["Culicidae", 7157, null, + [ ["Anophelinae", 43816, null, + [ ["Anopheles", 7164, null, + [ ["Cellia", 44534, null, + [ ["Pyretophorus", 44537, null, + [ ["gambiae species complex", 44542, null, + [ ["A. gambiae", 7165, "Anopheles gambiae" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Hymenoptera", 7399, null, + [ ["Apocrita", 7400, null, + [ ["Aculeata", 7434, null, + [ ["Apoidea", 34735, null, + [ ["Apidae", 7458, null, + [ ["Apinae", 70987, null, + [ ["Apini", 83321, null, + [ ["Apis", 7459, null, + [ ["A. mellifera", 7460, "Apis mellifera" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Nematoda", 6231, null, + [ ["Chromadorea", 119089, null, + [ ["Rhabditida", 6236, null, + [ ["Rhabditoidea", 55879, null, + [ ["Rhabditidae", 6243, null, + [ ["Peloderinae", 55885, null, + [ ["Caenorhabditis", 6237, null, + [ ["C. elegans", 6239, "Caenorhabditis elegans" ], + ["C. brenneri", 135651, "Caenorhabditis brenneri" ], + ["C. briggsae", 6238, "Caenorhabditis briggsae" ], + ["C. japonica", 281687, "Caenorhabditis japonica" ], + ["C. remanei", 31234, "Caenorhabditis remanei" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Diplogasterida", 50827, null, + [ ["Neodiplogasteridae", 54124, null, + [ ["Pristionchus", 54125, null, + [ ["P. pacificus", 54126, "Pristionchus pacificus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Lophotrochozoa", 1206795, null, + [ ["Mollusca", 6447, null, + [ ["Gastropoda", 6448, null, + [ ["Heterobranchia", 216305, null, + [ ["Euthyneura", 216307, null, + [ ["Euopisthobranchia", 6496, null, + [ ["Aplysiomorpha", 6497, null, + [ ["Aplysioidea", 216318, null, + [ ["Aplysiidae", 6498, null, + [ ["Aplysia", 6499, null, + [ ["Sea hare", 6500, "Aplysia californica" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Fungi", 4751, null, + [ ["Dikarya", 451864, null, + [ ["Ascomycota", 4890, null, + [ ["saccharomyceta", 716545, null, + [ ["Saccharomycotina", 147537, null, + [ ["Saccharomycetes", 4891, null, + [ ["Saccharomycetales", 4892, null, + [ ["Saccharomycetaceae", 4893, null, + [ ["Saccharomyces", 4930, null, + [ ["S. cerevisiae", 4932, "Saccharomyces cerevisiae", + [ ["S. cerevisiae", 559292, "Saccharomyces cerevisiae S288c" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], +["Viruses", 10239, null, + [ ["ssRNA viruses", 439488, null, + [ ["ssRNA negative-strand viruses", 35301, null, + [ ["Mononegavirales", 11157, null, + [ ["Filoviridae", 11266, null, + [ ["Ebolavirus", 186536, null, + [ ["Ebola virus", 186538, "Zaire ebolavirus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ];