f863c012ea39c498eaf4cff84f85f92fef210c5f jcasper Mon May 13 00:51:57 2019 -0700 Initial commit of Hi-C display support via .hic files, refs #18842 diff --git src/hg/lib/makefile src/hg/lib/makefile index fd3b0a4..5872c16 100644 --- src/hg/lib/makefile +++ src/hg/lib/makefile @@ -56,61 +56,61 @@ genbank.o genbankBlackList.o gencodeGeneClass.o gencodeIntron.o genMapDb.o \ geneBands.o geneCheck.o geneCheckDetails.o geneCheckWidget.o \ geneGraph.o genePred.o genePredReader.o geneSimilarities.o genoLay.o \ genomeRangeTreeFile.o genomicDups.o \ genomicSuperDups.o geoMirror.o ggCluster.o ggDbIo.o ggDump.o ggGraph.o ggMrnaAli.o \ ggTypes.o glDbRep.o goa.o goaPart.o googleAnalytics.o gpFx.o \ growthCondition.o grp.o \ gtexAse.o gtexBoxplot.o gtexEqtlCluster.o gtexInfo.o gtexDonor.o gtexGeneBed.o gtexSample.o \ gtexSampleData.o gtexTissue.o gtexTissueData.o gtexTissueMedian.o gtexUi.o \ gwasCatalog.o hAnno.o haplotypes.o \ hapmapAllelesOrtho.o hapmapAllelesSummary.o hapmapPhaseIIISummary.o \ hapmapSnps.o hapmapSnpsCombined.o \ hashJoin.o hCommon.o \ hCytoBand.o hdb.o hgColors.o hgConfig.o hgExp.o hgFind.o \ hgFindSpec.o hgFindSpecCustom.o hgHgvs.o hgHgvsParse.o \ - hgGene.o hgMaf.o hgRelate.o hgSeq.o hgdpGeo.o hPrint.o hVarSubst.o hvGfx.o \ + hgGene.o hic.o hicUi.o hgMaf.o hgRelate.o hgSeq.o hgdpGeo.o hPrint.o hVarSubst.o hvGfx.o \ HInv.o hubConnect.o hubSearchText.o hui.o humanParalog.o hubPublic.o \ imageClone.o indelShift.o interact.o interactUi.o isochores.o ispyTables.o \ itemAttr.o itemConf.o itemDetailsHtml.o jalview.o \ jaxOrtholog.o jaxQTL.o jaxQTL3.o jksql.o joiner.o jsHelper.o kg1ToKg2.o \ jgiGene.o joinMixer.o \ kgAlias.o kgColor.o kgProtAlias.o kgXref.o knownInfo.o knownMore.o knownToSuper.o \ lav.o ld.o ld2.o lfs.o liftOver.o liftOverChain.o liftUp.o \ llaInfo.o longRange.o lrg.o lsSnpPdb.o lsSnpPdbChimera.o mafFrames.o mafGene.o mafSummary.o \ makeItemsItem.o mammalPsg.o mapSts.o mathWig.o \ mcnBreakpoints.o mdb.o metaChromGraph.o microarray.o \ minChromSize.o minGeneInfo.o mrnaMisMatch.o \ mouseOrtho.o mouseSyn.o mouseSynWhd.o mysqlTableStatus.o ncbiRefLink.o \ ncbiRefSeqLink.o netAlign.o netCart.o nonCodingUi.o omimTitle.o ooUtils.o \ orthoAlleles.o pal.o pbStamp.o pcrResult.o pepPred.o \ peptideAtlasPeptide.o plasEndPairs.o polyGenotype.o protFeat.o pscreen.o \ pseudoGeneLink.o pslReader.o pslWScore.o putaInfo.o qaSeq.o \ rangeTreeFile.o rankProp.o recombRate.o recombRateRat.o recombRateMouse.o \ refLink.o refSeqStatus.o \ rgdQtl.o riken.o rhMapZfishInfo.o rikenBest.o rikenCluster.o rmskOut.o \ rmskAlign.o rmskJoined.o rmskOut2.o \ rnaFold.o rnaGene.o rnaGroup.o rnaHybridization.o rnaPLFold.o tRNAs.o gbRNAs.o snoRNAs.o lowelabPfamHit.o lowelabArkinOperonScore.o lowelabTIGROperonScore.o \ rnaSecStr.o tfbsConsFactors.o \ roughAli.o transMapStuff.o transMapInfo.o transMapGene.o transMapSrc.o \ sage.o sageCounts.o sageExp.o samAlignment.o sample.o \ sanger22extra.o sangerGene.o sangerGeneToWBGeneID.o sargassoSeaXra.o \ scopDes.o scoredRef.o search.o seqWindow.o sessionThumbnail.o sgdAbundance.o \ sgdClone.o sgdDescription.o sgdOther.o simpleNucDiff.o simpleRepeat.o snakeUi.o \ snp.o snp125.o snp125CodingCoordless.o snp132Ext.o snpExceptions.o snpFasta.o snpMap.o snpTmp.o \ snpUi.o snp125Exceptions.o snp125Ui.o softPromoter.o softberryHom.o soTerm.o \ - spDb.o splignAlign.o sqlSanity.o stanMad.o stsAlias.o \ + spDb.o splignAlign.o sqlSanity.o stanMad.o straw.o stsAlias.o \ stsInfo.o stsInfo2.o stsInfoMouse.o stsInfoMouseNew.o stsInfoRat.o \ stsMap.o stsMapMouse.o stsMapMouseNew.o stsMapRat.o stsMarker.o suggest.o \ switchDbTss.o synMap.o synteny100000.o syntenyBerk.o syntenySanger.o \ sqlProg.o tfbsCons.o tfbsConsSites.o tablesTables.o \ tableDescriptions.o tableStatus.o targetDb.o tfbsConsMap.o tagRepo.o \ taxonDivision.o taxonGeneticCode.o taxonName.o taxonNode.o taxonXref.o \ tigrCmrGene.o tigrOperon.o tilingPath.o traceInfo.o trackDb.o \ trackDbCustom.o trackHub.o trackLayout.o trackTable.o trackVersion.o trashDir.o \ transRegCode.o transRegCodeCondition.o \ transRegCodeProbe.o txAliDiff.o txCluster.o txCommon.o txEdgeBed.o \ txEdgeOrtho.o txGraph.o txInfo.o txRnaAccs.o ucscRetroInfo.o ucscRetroOrtho.o \ validateGisaid.o variant.o variantProjector.o vcfUi.o \ vegaInfo.o vegaInfoZfish.o visiGene.o vntr.o \ wabAli.o web.o ncRna.o wgRna.o wigAsciiToBinary.o wigDataStream.o wiggle.o \ wiggleCart.o wiggleUtils.o wikiLink.o wikiTrack.o yaleGencodeAssoc.o \ @@ -127,28 +127,31 @@ %.o: %.c ${CC} ${COPT} ${CFLAGS} ${GBROWSE_D} ${LOWELAB_DEFS} ${HG_DEFS} ${HG_WARN} ${HG_INC} ${XINC} -o $@ -c $< ../../lib/$(MACHTYPE)/jkhgap.a: $(O) ar rcus ../../lib/$(MACHTYPE)/jkhgap.a $(O) jWestHeader.h: jWestHeader.html sed -e 's/\\/\\\\/g; s/"/\\"/g; s/^/"/; s/$$/\\n"/;' jWestHeader.html > jWestHeader.h jWestBanner.h: jWestBanner.html sed -e 's/\\/\\\\/g; s/"/\\"/g; s/^/"/; s/$$/\\n"/;' jWestBanner.html > jWestBanner.h web.o: jWestHeader.h jWestBanner.h +straw.o: straw/straw.cpp straw/straw.h + cd straw && ${MAKE} straw.o + clean: rm -f $(O); rm -f jWestHeader.h jWestBanner.h rm -f ../../lib/$(MACHTYPE)/jkhgap.a; ctags: ctags *.c *.h ../inc/*.h ../lib/*.c ../../inc/*.h ../../lib/*.c ../inc/encode/*.h ../lib/encode/*.c tags: etags *.c *.h ../inc/*.h ../lib/*.c ../../inc/*.h ../../lib/*.c ../inc/encode/*.h ../lib/encode/*.c test: cd tests && ${MAKE} test