e2750fa753c592c9941e3e553bb4daf978fb935f jcasper Mon Dec 23 15:28:41 2019 -0800 Updating the taxonomy tree as it's been a couple years (prepping for otter), no ticket diff --git src/hg/js/dbDbTaxonomy.js src/hg/js/dbDbTaxonomy.js index 5dc33e5..161f81a 100644 --- src/hg/js/dbDbTaxonomy.js +++ src/hg/js/dbDbTaxonomy.js @@ -128,31 +128,34 @@ [ ["Golden hamster", 10036, "Mesocricetus auratus" ] ] ] ] ], ["Neotominae", 337963, null, [ ["Peromyscus", 10040, null, [ ["Peromyscus maniculatus", 10042, null, [ ["Prairie deer mouse", 230844, "Peromyscus maniculatus bairdii" ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Spalacidae", 337664, null, [ ["Spalacinae", 10061, null, [ ["Nannospalax", 30636, null, [ ["Upper Galilee mountains blind mole rat", 1026970, "Nannospalax galili" ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Dipodoidea", 1963761, null, [ ["Dipodidae", 30648, null, [ ["Dipodinae", 35737, null, [ ["Jaculus", 48867, null, [ ["Lesser Egyptian jerboa", 51337, "Jaculus jaculus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Castorimorpha", 1963757, null, - [ ["Heteromyidae", 10015, null, + [ ["Castoridae", 29132, null, + [ ["Castor", 10184, null, + [ ["Beaver", 51338, "Castor canadensis" ] ] ] ] ], + ["Heteromyidae", 10015, null, [ ["Dipodomyinae", 38662, null, [ ["Dipodomys", 10016, null, [ ["Kangaroo rat", 10020, "Dipodomys ordii" ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Hystricomorpha", 33550, null, [ ["Bathyergidae", 10167, null, [ ["Fukomys", 423606, null, [ ["Damara mole rat", 885580, "Fukomys damarensis" ] ] ], ["Heterocephalus", 10180, null, [ ["Naked mole-rat", 10181, "Heterocephalus glaber" ] ] ] ] ], ["Caviidae", 10139, null, [ ["Cavia", 10140, null, [ ["Brazilian guinea pig", 37548, "Cavia aperea" ], ["Guinea pig", 10141, "Cavia porcellus" ] ] ] ] ], ["Chinchillidae", 10150, null, [ ["Chinchilla", 10151, null, @@ -171,113 +174,118 @@ [ ["Oryctolagus", 9984, null, [ ["Rabbit", 9986, "Oryctolagus cuniculus" ] ] ] ] ], ["Ochotonidae", 9976, null, [ ["Ochotona", 9977, null, [ ["Pika", 9978, "Ochotona princeps" ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Dermoptera", 30656, null, [ ["Cynocephalidae", 30657, null, [ ["Galeopterus", 482536, null, [ ["Malayan flying lemur", 482537, "Galeopterus variegatus" ] ] ] ] ] ] ], ["Scandentia", 9392, null, [ ["Tupaiidae", 9393, null, [ ["Tupaia", 9394, null, [ ["Chinese tree shrew", 246437, "Tupaia chinensis" ], ["Tree shrew", 37347, "Tupaia belangeri" ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Laurasiatheria", 314145, null, - [ ["Insectivora", 9362, null, + [ ["Eulipotyphla", 9362, null, [ ["Erinaceidae", 9363, null, [ ["Erinaceinae", 30577, null, [ ["Erinaceus", 9364, null, [ ["Hedgehog", 9365, "Erinaceus europaeus" ] ] ] ] ] ] ], ["Soricidae", 9376, null, [ ["Soricinae", 183663, null, [ ["Sorex", 9379, null, [ ["Shrew", 42254, "Sorex araneus" ] ] ] ] ] ] ], ["Talpidae", 9373, null, [ ["Condylura", 143301, null, [ ["Star-nosed mole", 143302, "Condylura cristata" ] ] ] ] ] ] ], - ["Cetartiodactyla", 91561, null, + ["Artiodactyla", 91561, null, [ ["Suina", 35497, null, [ ["Suidae", 9821, null, [ ["Sus", 9822, null, [ ["Pig", 9823, "Sus scrofa" ] ] ] ] ] ] ], ["Ruminantia", 9845, null, [ ["Pecora", 35500, null, [ ["Bovidae", 9895, null, [ ["Bovinae", 27592, null, [ ["Bos", 9903, null, [ ["Cow", 9913, "Bos taurus" ], ["Wild yak", 72004, "Bos mutus" ] ] ], ["Bison", 9900, null, [ ["Bison bison", 9901, null, [ ["Bison", 43346, "Bison bison bison" ] ] ] ] ], ["Bubalus", 9918, null, [ ["Water buffalo", 89462, "Bubalus bubalis" ] ] ] ] ], ["Antilopinae", 9948, null, [ ["Pantholops", 59537, null, [ ["Tibetan antelope", 59538, "Pantholops hodgsonii" ] ] ] ] ], ["Caprinae", 9963, null, [ ["Capra", 9922, null, [ ["Domestic goat", 9925, "Capra hircus" ] ] ], ["Ovis", 9935, null, [ ["Sheep", 9940, "Ovis aries" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Cetacea", 9721, null, + ["Whippomorpha", 2653789, null, + [ ["Cetacea", 9721, null, [ ["Odontoceti", 9722, null, [ ["Delphinidae", 9726, null, [ ["Orcinus", 9732, null, [ ["Killer whale", 9733, "Orcinus orca" ] ] ], ["Tursiops", 9738, null, [ ["Dolphin", 9739, "Tursiops truncatus" ] ] ] ] ], ["Lipotidae", 119500, null, [ ["Lipotes", 118796, null, [ ["Yangtze river dolphin", 118797, "Lipotes vexillifer" ] ] ] ] ], ["Physeteridae", 9750, null, [ ["Physeter", 9753, null, [ ["Sperm whale", 9755, "Physeter catodon" ] ] ] ] ] ] ], ["Mysticeti", 9761, null, [ ["Balaenopteridae", 9765, null, [ ["Balaenoptera", 9766, null, [ ["Balaenoptera acutorostrata", 9767, null, - [ ["Minke whale", 310752, "Balaenoptera acutorostrata scammoni" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + [ ["Minke whale", 310752, "Balaenoptera acutorostrata scammoni" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Tylopoda", 9834, null, [ ["Camelidae", 9835, null, [ ["Camelus", 9836, null, [ ["Bactrian camel", 419612, "Camelus ferus" ] ] ], ["Vicugna", 30539, null, [ ["Alpaca", 30538, "Vicugna pacos" ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Perissodactyla", 9787, null, [ ["Equidae", 9788, null, [ ["Equus", 9789, null, [ ["Equus", 35510, null, [ ["Horse", 9796, "Equus caballus" ], ["Przewalski horse", 9798, "Equus przewalskii" ] ] ] ] ] ] ], ["Rhinocerotidae", 9803, null, [ ["Ceratotherium", 9806, null, [ ["Ceratotherium simum", 9807, null, [ ["White rhinoceros", 73337, "Ceratotherium simum simum" ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Carnivora", 33554, null, [ ["Caniformia", 379584, null, [ ["Canidae", 9608, null, [ ["Canis", 9611, null, [ ["Canis lupus", 9612, null, [ ["Dog", 9615, "Canis lupus familiaris" ] ] ] ] ] ] ], ["Odobenidae", 9705, null, [ ["Odobenus", 9706, null, [ ["Odobenus rosmarus", 9707, null, [ ["Pacific walrus", 9708, "Odobenus rosmarus divergens" ] ] ] ] ] ] ], ["Mustelidae", 9655, null, - [ ["Mustelinae", 169418, null, + [ ["Lutrinae", 169417, null, + [ ["Enhydra", 34881, null, + [ ["Enhydra lutris", 34882, null, + [ ["Southern sea otter", 1049777, "Enhydra lutris nereis" ] ] ] ] ] ] ], + ["Mustelinae", 169418, null, [ ["Mustela", 9665, null, [ ["Mustela putorius", 9668, null, [ ["Ferret", 9669, "Mustela putorius furo" ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Phocidae", 9709, null, [ ["Leptonychotes", 9712, null, [ ["Weddell seal", 9713, "Leptonychotes weddellii" ] ] ], ["Neomonachus", 1907176, null, [ ["Hawaiian monk seal", 29088, "Neomonachus schauinslandi" ] ] ] ] ], ["Ursidae", 9632, null, [ ["Ailuropoda", 9645, null, [ ["Panda", 9646, "Ailuropoda melanoleuca" ] ] ], ["Ursus", 9639, null, [ ["Polar bear", 29073, "Ursus maritimus" ] ] ] ] ] ] ], ["Feliformia", 379583, null, [ ["Felidae", 9681, null, @@ -396,220 +404,93 @@ [ ["Phasianidae", 9005, null, [ ["Phasianinae", 9072, null, [ ["Gallus", 9030, null, [ ["Chicken", 9031, "Gallus gallus" ] ] ] ] ], ["Meleagridinae", 466552, null, [ ["Meleagris", 9102, null, [ ["Turkey", 9103, "Meleagris gallopavo" ] ] ] ] ], ["Perdicinae", 466544, null, [ ["Coturnix", 9090, null, [ ["Japanese quail", 93934, "Coturnix japonica" ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Anseriformes", 8826, null, [ ["Anatidae", 8830, null, [ ["Anatinae", 2068716, null, [ ["Anas", 8835, null, [ ["Mallard duck", 8839, "Anas platyrhynchos" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Bucerotiformes", 57379, null, - [ ["Bucerotidae", 57380, null, - [ ["Buceros", 175829, null, - [ ["Buceros rhinoceros", 175835, null, - [ ["Rhinoceros hornbill", 175836, "Buceros rhinoceros silvestris" ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Caprimulgiformes", 8902, null, - [ ["Caprimulgidae", 48283, null, - [ ["Antrostomus", 1854010, null, - [ ["Chuck-will's-widow", 279965, "Antrostomus carolinensis" ] ] ] ] ] ] ], - ["Cariamiformes", 1956187, null, - [ ["Cariamidae", 54378, null, - [ ["Cariama", 54379, null, - [ ["Red-legged seriema", 54380, "Cariama cristata" ] ] ] ] ] ] ], + ["Accipitriformes", 2558200, null, + [ ["Accipitridae", 56259, null, + [ ["Accipitrinae", 8955, null, + [ ["Aquila", 8960, null, + [ ["Aquila chrysaetos", 8962, null, + [ ["Golden eagle", 216574, "Aquila chrysaetos canadensis" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Charadriiformes", 8906, null, [ ["Charadriidae", 8907, null, [ ["Charadrius", 50391, null, [ ["Killdeer", 50402, "Charadrius vociferus" ] ] ] ] ] ] ], - ["Ciconiiformes", 8920, null, - [ ["Pteroclidae", 56295, null, - [ ["Pterocles", 56296, null, - [ ["Yellow-throated sandgrouse", 240206, "Pterocles gutturalis" ] ] ] ] ] ] ], - ["Coliiformes", 57384, null, - [ ["Coliidae", 57385, null, - [ ["Colius", 57409, null, - [ ["Speckled mousebird", 57412, "Colius striatus" ] ] ] ] ] ] ], ["Columbiformes", 8929, null, [ ["Columbidae", 8930, null, [ ["Columba", 8931, null, [ ["Rock pigeon", 8932, "Columba livia" ] ] ] ] ] ] ], - ["Coraciiformes", 8936, null, - [ ["Leptosomidae", 188342, null, - [ ["Leptosomus", 188343, null, - [ ["Cuckoo roller", 188344, "Leptosomus discolor" ] ] ] ] ], - ["Meropidae", 57386, null, - [ ["Merops", 57420, null, - [ ["Northern carmine bee-eater", 57421, "Merops nubicus" ] ] ] ] ] ] ], - ["Cuculiformes", 8940, null, - [ ["Cuculidae", 8941, null, - [ ["Cuculus", 33592, null, - [ ["Common cuckoo", 55661, "Cuculus canorus" ] ] ] ] ] ] ], ["Falconiformes", 8948, null, - [ ["Accipitridae", 56259, null, - [ ["Accipitrinae", 8955, null, - [ ["Aquila", 8960, null, - [ ["Aquila chrysaetos", 8962, null, - [ ["Golden eagle", 216574, "Aquila chrysaetos canadensis" ] ] ] ] ], - ["Haliaeetus", 8968, null, - [ ["Bald eagle", 52644, "Haliaeetus leucocephalus" ], - ["White-tailed eagle", 8969, "Haliaeetus albicilla" ] ] ] ] ] ] ], - ["Falconidae", 8949, null, + [ ["Falconidae", 8949, null, [ ["Falco", 8952, null, - [ ["Peregrine falcon", 8954, "Falco peregrinus" ], - ["Saker falcon", 345164, "Falco cherrug" ] ] ] ] ] ] ], - ["Gaviiformes", 30411, null, - [ ["Gaviidae", 30412, null, - [ ["Gavia", 37038, null, - [ ["Red-throated loon", 37040, "Gavia stellata" ] ] ] ] ] ] ], - ["Gruiformes", 9108, null, - [ ["Eurypygidae", 54381, null, - [ ["Eurypyga", 54382, null, - [ ["Sunbittern", 54383, "Eurypyga helias" ] ] ] ] ], - ["Gruidae", 9109, null, - [ ["Balearica", 30413, null, - [ ["Balearica regulorum", 925459, null, - [ ["Crowned crain", 100784, "Balearica regulorum gibbericeps" ] ] ] ] ] ] ], - ["Mesitornithidae", 54372, null, - [ ["Mesitornis", 54373, null, - [ ["Brown roatelo", 54374, "Mesitornis unicolor" ] ] ] ] ], - ["Otididae", 54375, null, - [ ["Chlamydotis", 172679, null, - [ ["Houbara bustard", 187382, "Chlamydotis macqueenii" ] ] ] ] ] ] ], - ["Musophagiformes", 56301, null, - [ ["Musophagidae", 56302, null, - [ ["Tauraco", 56303, null, - [ ["Red crested turaco", 121530, "Tauraco erythrolophus" ] ] ] ] ] ] ], - ["Opisthocomiformes", 30416, null, - [ ["Opisthocomidae", 30417, null, - [ ["Opisthocomus", 30418, null, - [ ["Hoatzin", 30419, "Opisthocomus hoazin" ] ] ] ] ] ] ], + [ ["Saker falcon", 345164, "Falco cherrug" ] ] ] ] ] ] ], ["Passeriformes", 9126, null, - [ ["Acanthisittidae", 38633, null, - [ ["Acanthisitta", 57067, null, - [ ["Rifleman", 57068, "Acanthisitta chloris" ] ] ] ] ], - ["Corvoidea", 192204, null, - [ ["Corvidae", 28725, null, - [ ["Corvus", 30420, null, - [ ["American crow", 85066, "Corvus brachyrhynchos" ], - ["Corvus cornix", 181096, null, - [ ["Hooded crow", 932674, "Corvus cornix cornix" ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Muscicapidae", 36291, null, + [ ["Muscicapidae", 36291, null, [ ["Ficedula", 36292, null, [ ["Collared flycatcher", 59894, "Ficedula albicollis" ] ] ] ] ], ["Paridae", 9153, null, [ ["Pseudopodoces", 181118, null, [ ["Tibetan ground jay", 181119, "Pseudopodoces humilis" ] ] ] ] ], ["Passerellidae", 1729112, null, [ ["Zonotrichia", 44387, null, [ ["White-throated sparrow", 44394, "Zonotrichia albicollis" ] ] ] ] ], ["Passeroidea", 175121, null, [ ["Estrildidae", 37611, null, [ ["Estrildinae", 40155, null, [ ["Taeniopygia", 59728, null, - [ ["Zebra finch", 59729, "Taeniopygia guttata" ] ] ] ] ] ] ], - ["Fringillidae", 9133, null, - [ ["Carduelinae", 37599, null, - [ ["Serinus", 9134, null, - [ ["Canary", 9135, "Serinus canaria" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + [ ["Zebra finch", 59729, "Taeniopygia guttata" ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Pipridae", 114313, null, [ ["Manacus", 196036, null, [ ["Golden-collared manakin", 328815, "Manacus vitellinus" ] ] ] ] ], ["Thraupidae", 400783, null, [ ["Geospiza", 48881, null, [ ["Medium ground finch", 48883, "Geospiza fortis" ] ] ] ] ] ] ], - ["Pelecaniformes", 9205, null, - [ ["Ardeidae", 8899, null, - [ ["Egretta", 56073, null, - [ ["Little egret", 188379, "Egretta garzetta" ] ] ] ] ], - ["Pelecanidae", 30444, null, - [ ["Pelecanus", 33617, null, - [ ["Dalmatian pelican", 36300, "Pelecanus crispus" ] ] ] ] ], - ["Phaethontidae", 30445, null, - [ ["Phaethon", 37044, null, - [ ["White-tailed tropicbird", 97097, "Phaethon lepturus" ] ] ] ] ], - ["Phalacrocoracidae", 9206, null, - [ ["Phalacrocorax", 9207, null, - [ ["Great cormorant", 9209, "Phalacrocorax carbo" ] ] ] ] ], - ["Threskiornithidae", 33574, null, - [ ["Nipponia", 128389, null, - [ ["Crested ibis", 128390, "Nipponia nippon" ] ] ] ] ] ] ], - ["Phoenicopteriformes", 9214, null, - [ ["Phoenicopteridae", 9215, null, - [ ["Phoenicopterus", 9216, null, - [ ["Phoenicopterus ruber", 9217, null, - [ ["American flamingo", 9218, "Phoenicopterus ruber ruber" ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Piciformes", 9219, null, - [ ["Picidae", 9220, null, - [ ["Picoides", 36302, null, - [ ["Downy woodpecker", 118200, "Picoides pubescens" ] ] ] ] ] ] ], - ["Procellariiformes", 30449, null, - [ ["Procellariidae", 30451, null, - [ ["Fulmarus", 30454, null, - [ ["Northern fulmar", 30455, "Fulmarus glacialis" ] ] ] ] ] ] ], ["Psittaciformes", 9223, null, [ ["Psittacidae", 9224, null, [ ["Amazona", 12929, null, [ ["Parrot", 241585, "Amazona vittata" ] ] ], ["Ara", 9225, null, [ ["Scarlet macaw", 176014, "Ara macao" ] ] ] ] ], ["Psittaculidae", 1545690, null, [ ["Melopsittacus", 13145, null, - [ ["Budgerigar", 13146, "Melopsittacus undulatus" ] ] ] ] ] ] ], - ["Sphenisciformes", 9230, null, - [ ["Spheniscidae", 9231, null, - [ ["Aptenodytes", 9232, null, - [ ["Emperor penguin", 9233, "Aptenodytes forsteri" ] ] ], - ["Pygoscelis", 9237, null, - [ ["Adelie penguin", 9238, "Pygoscelis adeliae" ] ] ] ] ] ] ], - ["Strigiformes", 30458, null, - [ ["Tytonidae", 30462, null, - [ ["Tyto", 56312, null, - [ ["Barn owl", 56313, "Tyto alba" ] ] ] ] ] ] ], - ["Trochiliformes", 9241, null, - [ ["Trochilidae", 9242, null, - [ ["Calypte", 9243, null, - [ ["Anna's hummingbird", 9244, "Calypte anna" ] ] ] ] ] ] ], - ["Trogoniformes", 56308, null, - [ ["Trogonidae", 56309, null, - [ ["Apaloderma", 57396, null, - [ ["Bar tailed trogon", 57397, "Apaloderma vittatum" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + [ ["Budgerigar", 13146, "Melopsittacus undulatus" ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Palaeognathae", 8783, null, [ ["Apterygiformes", 8819, null, [ ["Apterygidae", 8820, null, [ ["Apteryx", 8821, null, [ ["Apteryx australis", 8822, null, [ ["Brown kiwi", 202946, "Apteryx australis mantelli" ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Struthioniformes", 8798, null, - [ ["Struthionidae", 8799, null, - [ ["Struthio", 8800, null, - [ ["Struthio camelus", 8801, null, - [ ["Ostrich", 441894, "Struthio camelus australis" ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Tinamiformes", 8802, null, [ ["Tinamidae", 8803, null, [ ["Tinamus", 30467, null, [ ["White throated tinamou", 94827, "Tinamus guttatus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Crocodylia", 1294634, null, [ ["Alligatoridae", 1294636, null, [ ["Alligatorinae", 34915, null, [ ["Alligator", 8495, null, - [ ["American alligator", 8496, "Alligator mississippiensis" ], - ["Chinese alligator", 38654, "Alligator sinensis" ] ] ] ] ] ] ], + [ ["American alligator", 8496, "Alligator mississippiensis" ] ] ] ] ] ] ], ["Longirostres", 1298654, null, [ ["Crocodylidae", 8493, null, [ ["Crocodylus", 8500, null, [ ["Saltwater crocodile", 8502, "Crocodylus porosus" ] ] ] ] ], ["Gavialidae", 1294635, null, [ ["Gavialinae", 94833, null, [ ["Gavialis", 94834, null, [ ["Gharial", 94835, "Gavialis gangeticus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Testudines", 8459, null, [ ["Cryptodira", 8464, null, [ ["Durocryptodira", 1579337, null, [ ["Americhelydia", 1579336, null, [ ["Chelonioidea", 27791, null, [ ["Cheloniidae", 8465, null, [ ["Chelonia", 8468, null, @@ -628,80 +509,80 @@ ["Lepidosauria", 8504, null, [ ["Squamata", 8509, null, [ ["Bifurcata", 1329961, null, [ ["Unidentata", 1329950, null, [ ["Episquamata", 1329912, null, [ ["Toxicofera", 1329911, null, [ ["Iguania", 8511, null, [ ["Dactyloidae", 2024747, null, [ ["Anolis", 28376, null, [ ["Lizard", 28377, "Anolis carolinensis" ] ] ] ] ] ] ], ["Serpentes", 8570, null, [ ["Colubroidea", 34989, null, [ ["Colubridae", 8578, null, [ ["Natricinae", 169862, null, [ ["Thamnophis", 34999, null, - [ ["Garter snake", 35019, "Thamnophis sirtalis" ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Henophidia", 34979, null, - [ ["Pythonidae", 34984, null, - [ ["Python", 37579, null, - [ ["Burmese python", 176946, "Python bivittatus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + [ ["Garter snake", 35019, "Thamnophis sirtalis" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Amphibia", 8292, null, [ ["Batrachia", 41666, null, [ ["Anura", 8342, null, [ ["Pipoidea", 30319, null, [ ["Pipidae", 8352, null, [ ["Xenopodinae", 8360, null, [ ["Xenopus", 8353, null, [ ["Silurana", 8363, null, [ ["X. tropicalis", 8364, "Xenopus tropicalis" ] ] ], ["Xenopus", 262014, null, [ ["African clawed frog", 8355, "Xenopus laevis" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Neobatrachia", 8416, null, [ ["Ranoidea", 30352, null, [ ["Dicroglossidae", 685122, null, [ ["Dicroglossinae", 1191378, null, [ ["Nanorana", 120497, null, - [ ["Tibetan frog", 125878, "Nanorana parkeri" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + [ ["Tibetan frog", 125878, "Nanorana parkeri" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Caudata", 8293, null, + [ ["Salamandroidea", 30367, null, + [ ["Ambystomatidae", 8294, null, + [ ["Ambystoma", 8295, null, + [ ["Axolotl", 8296, "Ambystoma mexicanum" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Coelacanthimorpha", 118072, null, [ ["Coelacanthiformes", 7894, null, [ ["Coelacanthidae", 7895, null, [ ["Latimeria", 7896, null, [ ["Coelacanth", 7897, "Latimeria chalumnae" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Actinopterygii", 7898, null, [ ["Actinopteri", 186623, null, [ ["Neopterygii", 41665, null, [ ["Teleostei", 32443, null, [ ["Osteoglossocephalai", 1489341, null, [ ["Clupeocephala", 186625, null, [ ["Otomorpha", 186634, null, [ ["Ostariophysi", 32519, null, [ ["Otophysi", 186626, null, [ ["Cypriniphysae", 186627, null, [ ["Cypriniformes", 7952, null, - [ ["Cyprinoidea", 30727, null, + [ ["Cyprinoidei", 30727, null, [ ["Cyprinidae", 7953, null, [ ["Danio", 7954, null, [ ["Zebrafish", 7955, "Danio rerio" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Characiphysae", 186628, null, [ ["Characiformes", 7991, null, [ ["Characoidei", 1489739, null, [ ["Characidae", 7992, null, - [ ["Characidae incertae sedis", 533331, null, - [ ["Astyanax clade", 883878, null, + [ ["Stethaprioninae", 42595, null, [ ["Astyanax", 7993, null, - [ ["Mexican tetra (cavefish)", 7994, "Astyanax mexicanus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + [ ["Mexican tetra (cavefish)", 7994, "Astyanax mexicanus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Euteleosteomorpha", 1489388, null, [ ["Neoteleostei", 123365, null, [ ["Eurypterygia", 123366, null, [ ["Ctenosquamata", 123367, null, [ ["Acanthomorphata", 123368, null, [ ["Euacanthomorphacea", 123369, null, [ ["Percomorphaceae", 1489872, null, [ ["Carangaria", 1489904, null, [ ["Pleuronectiformes", 8252, null, [ ["Pleuronectoidei", 30942, null, [ ["Cynoglossidae", 30947, null, [ ["Cynoglossinae", 603456, null, [ ["Cynoglossus", 106173, null, [ ["Tongue sole", 244447, "Cynoglossus semilaevis" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Eupercaria", 1489922, null, @@ -750,90 +631,85 @@ [ ["Cyprinodon", 28741, null, [ ["Sheepshead minnow", 28743, "Cyprinodon variegatus" ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Poeciliidae", 8079, null, [ ["Poeciliinae", 586240, null, [ ["Poecilia", 8080, null, [ ["Amazon molly", 48698, "Poecilia formosa" ], ["Guppy", 8081, "Poecilia reticulata" ] ] ], ["Xiphophorus", 8082, null, [ ["Southern platyfish", 8083, "Xiphophorus maculatus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Cichlomorphae", 1489910, null, [ ["Cichliformes", 1489911, null, [ ["Cichlidae", 8113, null, [ ["African cichlids", 319095, null, [ ["Pseudocrenilabrinae", 318546, null, [ ["Haplochromini", 319058, null, - [ ["Haplochromis", 8121, null, + [ ["Astatotilapia", 8152, null, + [ ["Eastern happy", 8154, "Astatotilapia calliptera" ] ] ], + ["Haplochromis", 8121, null, [ ["Burton's mouthbreeder", 8153, "Haplochromis burtoni" ] ] ], ["Maylandia", 143623, null, [ ["Maylandia zebra complex", 57445, null, [ ["Zebra mbuna", 106582, "Maylandia zebra" ] ] ] ] ], ["Pundamilia", 195936, null, [ ["Pundamilia nyererei", 303518, "Pundamilia nyererei" ] ] ] ] ], ["Lamprologini", 319069, null, [ ["Neolamprologus", 32506, null, [ ["Princess of Burundi", 32507, "Neolamprologus brichardi" ] ] ] ] ], ["Oreochromini", 1315725, null, [ ["Oreochromis", 8139, null, [ ["Nile tilapia", 8128, "Oreochromis niloticus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Ovalentaria incertae sedis", 1489909, null, [ ["Pomacentridae", 30863, null, [ ["Stegastes", 80992, null, [ ["Bicolor damselfish", 144197, "Stegastes partitus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Paracanthomorphacea", 1489838, null, [ ["Zeiogadaria", 1489841, null, [ ["Gadariae", 1489843, null, [ ["Gadiformes", 8043, null, [ ["Gadoidei", 1489845, null, [ ["Gadidae", 8045, null, [ ["Gadus", 8048, null, [ ["Atlantic cod", 8049, "Gadus morhua" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Protacanthopterygii", 41705, null, [ ["Esociformes", 8007, null, [ ["Esocidae", 8008, null, [ ["Esox", 8009, null, - [ ["Northern pike", 8010, "Esox lucius" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Elopocephalai", 1489340, null, - [ ["Elopocephala", 186624, null, - [ ["Elopomorpha", 32521, null, - [ ["Anguilliformes", 7933, null, - [ ["Anguillidae", 7934, null, - [ ["Anguilla", 7935, null, - [ ["Japanese eel", 7937, "Anguilla japonica" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + [ ["Northern pike", 8010, "Esox lucius" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Holostei", 1489100, null, [ ["Semionotiformes", 7914, null, [ ["Lepisosteidae", 7915, null, [ ["Lepisosteus", 7916, null, [ ["Spotted gar", 7918, "Lepisosteus oculatus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Chondrichthyes", 7777, null, [ ["Holocephali", 7863, null, [ ["Chimaeriformes", 7864, null, [ ["Callorhinchidae", 7865, null, [ ["Callorhinchus", 7866, null, [ ["Elephant shark", 7868, "Callorhinchus milii" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Cyclostomata", 1476529, null, [ ["Hyperoartia", 117569, null, [ ["Petromyzontiformes", 7745, null, [ ["Petromyzontidae", 7746, null, - [ ["Lethenteron", 94988, null, - [ ["Arctic lamprey", 980415, "Lethenteron camtschaticum" ] ] ], - ["Petromyzon", 7756, null, + [ ["Petromyzon", 7756, null, [ ["Lamprey", 7757, "Petromyzon marinus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Cephalochordata", 7735, null, + [ ["Leptocardii", 2682552, null, + [ ["Amphioxiformes", 2682553, null, [ ["Branchiostomidae", 7736, null, [ ["Branchiostoma", 7737, null, - [ ["Lancelet", 7739, "Branchiostoma floridae" ] ] ] ] ] ] ], + [ ["Lancelet", 7739, "Branchiostoma floridae" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Tunicata", 7712, null, [ ["Ascidiacea", 7713, null, [ ["Enterogona", 183770, null, [ ["Phlebobranchia", 7716, null, [ ["Cionidae", 7717, null, [ ["Ciona", 7718, null, [ ["C. intestinalis", 7719, "Ciona intestinalis" ], ["C. savignyi", 51511, "Ciona savignyi" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Echinodermata", 7586, null, [ ["Eleutherozoa", 133551, null, [ ["Echinozoa", 7624, null, [ ["Echinoidea", 7625, null, [ ["Euechinoidea", 7638, null, [ ["Echinacea", 7674, null, [ ["Echinoida", 7675, null, @@ -944,119 +820,124 @@ [ ["Tenebrionidae incertae sedis", 1304792, null, [ ["Tribolium", 7069, null, [ ["T. castaneum", 7070, "Tribolium castaneum" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Hymenoptera", 7399, null, [ ["Apocrita", 7400, null, [ ["Aculeata", 7434, null, [ ["Apoidea", 34735, null, [ ["Apidae", 7458, null, [ ["Apinae", 70987, null, [ ["Apini", 83321, null, [ ["Apis", 7459, null, [ ["A. mellifera", 7460, "Apis mellifera" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Nematoda", 6231, null, [ ["Chromadorea", 119089, null, [ ["Rhabditida", 6236, null, + [ ["Rhabditina", 2301116, null, + [ ["Rhabditomorpha", 2301119, null, [ ["Rhabditoidea", 55879, null, [ ["Rhabditidae", 6243, null, [ ["Peloderinae", 55885, null, [ ["Caenorhabditis", 6237, null, [ ["C. elegans", 6239, "Caenorhabditis elegans" ], ["C. angaria", 860376, "Caenorhabditis angaria" ], ["C. brenneri", 135651, "Caenorhabditis brenneri" ], ["C. briggsae", 6238, "Caenorhabditis briggsae" ], ["C. japonica", 281687, "Caenorhabditis japonica" ], ["C. remanei", 31234, "Caenorhabditis remanei" ], ["C. sp. 5 ju800", 1550068, "Caenorhabditis sinica" ], ["C. sp. 7 ju1286", 1094335, "Caenorhabditis afra" ], ["C. sp. 9 ju1422", 1611254, "Caenorhabditis nigoni" ], - ["C. tropicalis", 1561998, "Caenorhabditis tropicalis" ] ] ] ] ] ] ], - ["Heterorhabditidae", 33254, null, - [ ["Heterorhabditis", 37861, null, - [ ["H. bacteriophora/m31e", 37862, "Heterorhabditis bacteriophora" ] ] ] ] ] ] ], - ["Panagrolaimoidea", 55746, null, - [ ["Panagrolaimidae", 114848, null, - [ ["Panagrellus", 6232, null, - [ ["Microworm", 6233, "Panagrellus redivivus" ] ] ] ] ], - ["Strongyloididae", 6246, null, - [ ["Strongyloides", 6247, null, - [ ["Threadworm", 34506, "Strongyloides ratti" ] ] ] ] ] ] ], - ["Strongylida", 6308, null, - [ ["Ancylostomatoidea", 33277, null, - [ ["Ancylostomatidae", 33278, null, - [ ["Ancylostomatinae", 53469, null, - [ ["Ancylostoma", 29169, null, - [ ["A. ceylanicum", 53326, "Ancylostoma ceylanicum" ] ] ] ] ], - ["Bunostominae", 53477, null, - [ ["Necator", 51030, null, - [ ["N. americanus", 51031, "Necator americanus" ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Trichostrongyloidea", 6314, null, - [ ["Haemonchidae", 126387, null, - [ ["Haemonchinae", 33260, null, - [ ["Haemonchus", 6288, null, - [ ["Barber pole worm", 6289, "Haemonchus contortus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Ascaridida", 6249, null, + ["C. tropicalis", 1561998, "Caenorhabditis tropicalis" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Diplogasteromorpha", 50827, null, + [ ["Diplogasteroidea", 2301094, null, + [ ["Neodiplogasteridae", 54124, null, + [ ["Pristionchus", 54125, null, + [ ["P. exspectatus", 1195656, "Pristionchus exspectatus" ], + ["P. pacificus", 54126, "Pristionchus pacificus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Spirurina", 6274, null, + [ ["Ascaridomorpha", 6249, null, [ ["Ascaridoidea", 33256, null, [ ["Ascarididae", 6250, null, [ ["Ascaris", 6251, null, [ ["Pig roundworm", 6253, "Ascaris suum" ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Diplogasterida", 50827, null, - [ ["Neodiplogasteridae", 54124, null, - [ ["Pristionchus", 54125, null, - [ ["P. exspectatus", 1195656, "Pristionchus exspectatus" ], - ["P. pacificus", 54126, "Pristionchus pacificus" ] ] ] ] ] ] ], - ["Spirurida", 6274, null, + ["Spiruromorpha", 2072716, null, [ ["Filarioidea", 6295, null, [ ["Onchocercidae", 6296, null, [ ["Brugia", 6278, null, [ ["Filarial worm", 6279, "Brugia malayi" ] ] ], ["Dirofilaria", 6286, null, [ ["Dog heartworm", 6287, "Dirofilaria immitis" ] ] ], ["Loa", 7208, null, [ ["Eye worm", 7209, "Loa loa" ] ] ], ["Onchocerca", 6281, null, - [ ["O. volvulus", 6282, "Onchocerca volvulus" ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Tylenchida", 6300, null, - [ ["Aphelenchina", 1182516, null, + [ ["O. volvulus", 6282, "Onchocerca volvulus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Tylenchina", 6300, null, + [ ["Panagrolaimomorpha", 2082223, null, + [ ["Panagrolaimoidea", 55746, null, + [ ["Panagrolaimidae", 114848, null, + [ ["Panagrellus", 6232, null, + [ ["Microworm", 6233, "Panagrellus redivivus" ] ] ] ] ] ] ], + ["Strongyloidoidea", 2082224, null, + [ ["Strongyloididae", 6246, null, + [ ["Strongyloides", 6247, null, + [ ["Threadworm", 34506, "Strongyloides ratti" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Tylenchomorpha", 33283, null, [ ["Aphelenchoidea", 120862, null, [ ["Aphelenchoididae", 33823, null, [ ["Bursaphelenchus", 6324, null, - [ ["Pine wood nematode", 6326, "Bursaphelenchus xylophilus" ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Tylenchina", 33283, null, - [ ["Tylenchoidea", 33284, null, + [ ["Pine wood nematode", 6326, "Bursaphelenchus xylophilus" ] ] ] ] ] ] ], + ["Tylenchoidea", 33284, null, [ ["Meloidogynidae", 315429, null, [ ["Meloidogyninae", 33285, null, [ ["Meloidogyne", 189290, null, [ ["M. hapla", 6305, "Meloidogyne hapla" ], ["Meloidogyne incognita group", 654580, null, [ ["M. incognita", 6306, "Meloidogyne incognita" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Strongylida", 6308, null, + [ ["Ancylostomatoidea", 2572558, null, + [ ["Ancylostomatidae", 33278, null, + [ ["Ancylostomatinae", 53469, null, + [ ["Ancylostoma", 29169, null, + [ ["A. ceylanicum", 53326, "Ancylostoma ceylanicum" ] ] ] ] ], + ["Bunostominae", 53477, null, + [ ["Necator", 51030, null, + [ ["N. americanus", 51031, "Necator americanus" ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Strongyloidea", 27829, null, + [ ["Heterorhabditidae", 2301471, null, + [ ["Heterorhabditis", 37861, null, + [ ["H. bacteriophora/m31e", 37862, "Heterorhabditis bacteriophora" ] ] ] ] ] ] ], + ["Trichostrongyloidea", 6314, null, + [ ["Haemonchidae", 126387, null, + [ ["Haemonchus", 6288, null, + [ ["Barber pole worm", 6289, "Haemonchus contortus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Enoplea", 119088, null, [ ["Dorylaimia", 1457286, null, [ ["Trichinellida", 6329, null, [ ["Trichinellidae", 6332, null, [ ["Trichinella", 6333, null, [ ["Trichinella", 6334, "Trichinella spiralis" ] ] ] ] ], ["Trichuridae", 119093, null, [ ["Trichuris", 36086, null, [ ["Whipworm", 68888, "Trichuris suis" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Lophotrochozoa", 1206795, null, [ ["Mollusca", 6447, null, [ ["Gastropoda", 6448, null, [ ["Heterobranchia", 216305, null, [ ["Euthyneura", 216307, null, [ ["Euopisthobranchia", 6496, null, - [ ["Aplysiomorpha", 6497, null, + [ ["Aplysiida", 6497, null, [ ["Aplysioidea", 216318, null, [ ["Aplysiidae", 6498, null, [ ["Aplysia", 6499, null, [ ["Sea hare", 6500, "Aplysia californica" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Cnidaria", 6073, null, [ ["Anthozoa", 6101, null, [ ["Hexacorallia", 6102, null, [ ["Actiniaria", 6103, null, [ ["Edwardsiidae", 45349, null, [ ["Nematostella", 45350, null, [ ["Starlet sea anemone", 45351, "Nematostella vectensis" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Fungi", 4751, null, [ ["Dikarya", 451864, null, [ ["Ascomycota", 4890, null, [ ["saccharomyceta", 716545, null, @@ -1090,49 +971,53 @@ [ ["Gammaproteobacteria", 1236, null, [ ["Pseudomonadales", 72274, null, [ ["Moraxellaceae", 468, null, [ ["Acinetobacter", 469, null, [ ["Acinetobacter calcoaceticus/baumannii complex", 909768, null, [ ["Acinetobacter baumannii", 470, null, [ ["Acinetobacter baumannii", 1100841, "Acinetobacter baumannii TYTH-1" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Terrabacteria group", 1783272, null, [ ["Firmicutes", 1239, null, [ ["Bacilli", 91061, null, [ ["Bacillales", 1385, null, [ ["Staphylococcaceae", 90964, null, [ ["Staphylococcus", 1279, null, [ ["Staphylococcus aureus", 1280, null, [ ["Staphylococcus aureus subsp. aureus", 46170, null, - [ ["Staph", 93061, "Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + [ ["Staph", 93061, "Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325" ], + ["Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300", 367830, null, + [ ["Staph", 451515, "Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_FPR3757" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Viruses", 10239, null, - [ ["ssRNA viruses", 439488, null, - [ ["ssRNA negative-strand viruses", 35301, null, + [ ["Riboviria", 2559587, null, + [ ["Negarnaviricota", 2497569, null, + [ ["Haploviricotina", 2497570, null, + [ ["Monjiviricetes", 2497574, null, [ ["Mononegavirales", 11157, null, [ ["Filoviridae", 11266, null, [ ["Ebolavirus", 186536, null, [ ["Ebola virus", 186538, "Zaire ebolavirus" ], ["Bundibugyo ebolavirus", 565995, "Bundibugyo ebolavirus" ], ["Reston ebolavirus", 186539, "Reston ebolavirus" ], ["Sudan ebolavirus", 186540, "Sudan ebolavirus" ], ["Tai forest ebolavirus", 186541, "Tai Forest ebolavirus" ] ] ], ["Marburgvirus", 186537, null, - [ ["Marburg virus", 11269, "Marburg marburgvirus" ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["ssRNA positive-strand viruses, no DNA stage", 35278, null, - [ ["Nidovirales", 76804, null, + [ ["Marburg virus", 11269, "Marburg marburgvirus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Nidovirales", 76804, null, + [ ["Cornidovirineae", 2499399, null, [ ["Coronaviridae", 11118, null, - [ ["Coronavirinae", 693995, null, + [ ["Orthocoronavirinae", 2501931, null, [ ["Betacoronavirus", 694002, null, - [ ["Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus", 694009, null, - [ ["SARS coronavirus", 227859, "SARS coronavirus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Retro-transcribing viruses", 35268, null, - [ ["Hepadnaviridae", 10404, null, + [ ["Sarbecovirus", 2509511, null, + [ ["SARS coronavirus", 694009, "Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Hepadnaviridae", 10404, null, [ ["Orthohepadnavirus", 10405, null, [ ["Hbv", 10407, "Hepatitis B virus" ] ] ] ] ], - ["Retroviridae", 11632, null, + ["Ortervirales", 2169561, null, + [ ["Retroviridae", 11632, null, [ ["Orthoretrovirinae", 327045, null, [ ["Betaretrovirus", 140052, null, [ ["MMTV", 11757, "Mouse mammary tumor virus" ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["dsDNA viruses, no RNA stage", 35237, null, - [ ["Papillomaviridae", 151340, null, + ["Papillomaviridae", 151340, null, + [ ["Firstpapillomavirinae", 2169595, null, [ ["Alphapapillomavirus", 333750, null, [ ["Alphapapillomavirus 14", 931244, null, [ ["Hpv", 333769, "Human papillomavirus type 90" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ];