823025651ec0baffef2fc7037f3b478d62dd4052
jcasper
  Thu Mar 26 14:28:25 2020 -0700
Fixing libs build for machines without C++ libs; added USE_HIC option to makes, refs #24414

diff --git src/hg/lib/makefile src/hg/lib/makefile
index 9a4981a..19994ba 100644
--- src/hg/lib/makefile
+++ src/hg/lib/makefile
@@ -86,51 +86,55 @@
     peptideAtlasPeptide.o plasEndPairs.o polyGenotype.o protFeat.o pscreen.o \
     pseudoGeneLink.o pslReader.o pslWScore.o putaInfo.o qaSeq.o \
     rangeTreeFile.o rankProp.o recombRate.o recombRateRat.o recombRateMouse.o \
     refLink.o refSeqStatus.o \
     rgdQtl.o riken.o rhMapZfishInfo.o rikenBest.o rikenCluster.o rmskOut.o \
     rmskAlign.o rmskJoined.o rmskOut2.o \
     rnaFold.o rnaGene.o rnaGroup.o rnaHybridization.o rnaPLFold.o tRNAs.o gbRNAs.o snoRNAs.o lowelabPfamHit.o lowelabArkinOperonScore.o lowelabTIGROperonScore.o \
     rnaSecStr.o tfbsConsFactors.o \
     roughAli.o transMapStuff.o transMapInfo.o transMapGene.o transMapSrc.o \
     sage.o sageCounts.o sageExp.o samAlignment.o sample.o \
     sanger22extra.o sangerGene.o sangerGeneToWBGeneID.o  sargassoSeaXra.o \
     scopDes.o scoredRef.o search.o seqWindow.o sessionThumbnail.o sgdAbundance.o \
     sgdClone.o sgdDescription.o sgdOther.o simpleNucDiff.o simpleRepeat.o snakeUi.o \
     snp.o snp125.o snp125CodingCoordless.o snp132Ext.o snpExceptions.o snpFasta.o snpMap.o snpTmp.o \
     snpUi.o snp125Exceptions.o snp125Ui.o softPromoter.o softberryHom.o soTerm.o \
-    spDb.o splignAlign.o sqlSanity.o stanMad.o straw.o stsAlias.o \
+    spDb.o splignAlign.o sqlSanity.o stanMad.o stsAlias.o \
     stsInfo.o stsInfo2.o stsInfoMouse.o stsInfoMouseNew.o stsInfoRat.o \
     stsMap.o stsMapMouse.o stsMapMouseNew.o stsMapRat.o stsMarker.o suggest.o \
     switchDbTss.o synMap.o synteny100000.o syntenyBerk.o syntenySanger.o \
     sqlProg.o tfbsCons.o tfbsConsSites.o tablesTables.o \
     tableDescriptions.o tableStatus.o targetDb.o tfbsConsMap.o tagRepo.o \
     taxonDivision.o taxonGeneticCode.o taxonName.o taxonNode.o taxonXref.o \
     tigrCmrGene.o tigrOperon.o tilingPath.o traceInfo.o trackDb.o \
     trackDbCustom.o trackDbCache.o trackHub.o trackLayout.o trackTable.o trackVersion.o trashDir.o \
     transRegCode.o transRegCodeCondition.o \
     transRegCodeProbe.o txAliDiff.o txCluster.o txCommon.o txEdgeBed.o \
     txEdgeOrtho.o txGraph.o txInfo.o txRnaAccs.o ucscRetroInfo.o ucscRetroOrtho.o \
     variant.o variantProjector.o vcfUi.o \
     vegaInfo.o vegaInfoZfish.o visiGene.o vntr.o \
     wabAli.o web.o ncRna.o wgRna.o wigAsciiToBinary.o wigDataStream.o wiggle.o \
     wiggleCart.o wiggleUtils.o wikiLink.o wikiTrack.o yaleGencodeAssoc.o \
     zdobnovSynt.o oreganno.o \
     oregannoUi.o gvUi.o gv.o omicia.o protVar.o pgSnp.o \
     alignInfo.o cddInfo.o loweutils.o cddDesc.o arCOGs.o arcogdesc.o geneTree.o \
     megablastInfo.o pgPhenoAssoc.o pgSiftPred.o pgPolyphenPred.o userRegions.o variome.o
 
+ifeq (${USE_HIC}, 1)
+  O += straw.o
+endif
+
 ifeq (${GBROWSE}, 1)
   GBROWSE_D=-DGBROWSE
 else
   GBROWSE_D=
 endif
 
 %.o: %.c
 	${CC} ${COPT} ${CFLAGS} ${GBROWSE_D} ${LOWELAB_DEFS} ${HG_DEFS} ${HG_WARN} ${HG_INC} ${XINC} -o $@ -c $<
 
 ../../lib/$(MACHTYPE)/jkhgap.a: $(O)
 	ar rcus ../../lib/$(MACHTYPE)/jkhgap.a $(O)
 
 jWestHeader.h: jWestHeader.html
 	sed -e 's/\\/\\\\/g; s/"/\\"/g; s/^/"/; s/$$/\\n"/;' jWestHeader.html > jWestHeader.h