823025651ec0baffef2fc7037f3b478d62dd4052 jcasper Thu Mar 26 14:28:25 2020 -0700 Fixing libs build for machines without C++ libs; added USE_HIC option to makes, refs #24414 diff --git src/hg/lib/makefile src/hg/lib/makefile index 9a4981a..19994ba 100644 --- src/hg/lib/makefile +++ src/hg/lib/makefile @@ -86,51 +86,55 @@ peptideAtlasPeptide.o plasEndPairs.o polyGenotype.o protFeat.o pscreen.o \ pseudoGeneLink.o pslReader.o pslWScore.o putaInfo.o qaSeq.o \ rangeTreeFile.o rankProp.o recombRate.o recombRateRat.o recombRateMouse.o \ refLink.o refSeqStatus.o \ rgdQtl.o riken.o rhMapZfishInfo.o rikenBest.o rikenCluster.o rmskOut.o \ rmskAlign.o rmskJoined.o rmskOut2.o \ rnaFold.o rnaGene.o rnaGroup.o rnaHybridization.o rnaPLFold.o tRNAs.o gbRNAs.o snoRNAs.o lowelabPfamHit.o lowelabArkinOperonScore.o lowelabTIGROperonScore.o \ rnaSecStr.o tfbsConsFactors.o \ roughAli.o transMapStuff.o transMapInfo.o transMapGene.o transMapSrc.o \ sage.o sageCounts.o sageExp.o samAlignment.o sample.o \ sanger22extra.o sangerGene.o sangerGeneToWBGeneID.o sargassoSeaXra.o \ scopDes.o scoredRef.o search.o seqWindow.o sessionThumbnail.o sgdAbundance.o \ sgdClone.o sgdDescription.o sgdOther.o simpleNucDiff.o simpleRepeat.o snakeUi.o \ snp.o snp125.o snp125CodingCoordless.o snp132Ext.o snpExceptions.o snpFasta.o snpMap.o snpTmp.o \ snpUi.o snp125Exceptions.o snp125Ui.o softPromoter.o softberryHom.o soTerm.o \ - spDb.o splignAlign.o sqlSanity.o stanMad.o straw.o stsAlias.o \ + spDb.o splignAlign.o sqlSanity.o stanMad.o stsAlias.o \ stsInfo.o stsInfo2.o stsInfoMouse.o stsInfoMouseNew.o stsInfoRat.o \ stsMap.o stsMapMouse.o stsMapMouseNew.o stsMapRat.o stsMarker.o suggest.o \ switchDbTss.o synMap.o synteny100000.o syntenyBerk.o syntenySanger.o \ sqlProg.o tfbsCons.o tfbsConsSites.o tablesTables.o \ tableDescriptions.o tableStatus.o targetDb.o tfbsConsMap.o tagRepo.o \ taxonDivision.o taxonGeneticCode.o taxonName.o taxonNode.o taxonXref.o \ tigrCmrGene.o tigrOperon.o tilingPath.o traceInfo.o trackDb.o \ trackDbCustom.o trackDbCache.o trackHub.o trackLayout.o trackTable.o trackVersion.o trashDir.o \ transRegCode.o transRegCodeCondition.o \ transRegCodeProbe.o txAliDiff.o txCluster.o txCommon.o txEdgeBed.o \ txEdgeOrtho.o txGraph.o txInfo.o txRnaAccs.o ucscRetroInfo.o ucscRetroOrtho.o \ variant.o variantProjector.o vcfUi.o \ vegaInfo.o vegaInfoZfish.o visiGene.o vntr.o \ wabAli.o web.o ncRna.o wgRna.o wigAsciiToBinary.o wigDataStream.o wiggle.o \ wiggleCart.o wiggleUtils.o wikiLink.o wikiTrack.o yaleGencodeAssoc.o \ zdobnovSynt.o oreganno.o \ oregannoUi.o gvUi.o gv.o omicia.o protVar.o pgSnp.o \ alignInfo.o cddInfo.o loweutils.o cddDesc.o arCOGs.o arcogdesc.o geneTree.o \ megablastInfo.o pgPhenoAssoc.o pgSiftPred.o pgPolyphenPred.o userRegions.o variome.o +ifeq (${USE_HIC}, 1) + O += straw.o +endif + ifeq (${GBROWSE}, 1) GBROWSE_D=-DGBROWSE else GBROWSE_D= endif %.o: %.c ${CC} ${COPT} ${CFLAGS} ${GBROWSE_D} ${LOWELAB_DEFS} ${HG_DEFS} ${HG_WARN} ${HG_INC} ${XINC} -o $@ -c $< ../../lib/$(MACHTYPE)/jkhgap.a: $(O) ar rcus ../../lib/$(MACHTYPE)/jkhgap.a $(O) jWestHeader.h: jWestHeader.html sed -e 's/\\/\\\\/g; s/"/\\"/g; s/^/"/; s/$$/\\n"/;' jWestHeader.html > jWestHeader.h