a1c950cde18a4b977dc47c4528dfa6a9357a1f0f jcarmstr Mon Jul 13 19:13:08 2015 -0700 Option for gfServer to save index as an mmap file on disk to speed startup. diff --git src/gfServer/tests/expected/testIndexFileTrans src/gfServer/tests/expected/testIndexFileTrans new file mode 100644 index 0000000..3647e99 --- /dev/null +++ src/gfServer/tests/expected/testIndexFileTrans @@ -0,0 +1,94 @@ +tileSize 4 +452 528 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 2348 2424 16 + 0 0 + 452 2348 456 2352 464 2360 468 2364 472 2368 476 2372 480 2376 484 2380 488 2384 492 2388 496 2392 500 2396 508 2404 512 2408 516 2412 524 2420 +122 186 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 1104 1168 14 + 0 0 + 122 1104 126 1108 130 1112 138 1120 142 1124 146 1128 150 1132 158 1140 162 1144 166 1148 170 1152 174 1156 178 1160 182 1164 +123 187 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 388 452 12 + 0 0 + 123 388 127 392 131 396 139 404 143 408 147 412 151 416 167 432 171 436 175 440 179 444 183 448 +296 320 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 1540 1564 5 + 0 0 + 296 1540 300 1544 308 1552 312 1556 316 1560 +1 117 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 788 904 26 + 0 1 + 1 788 5 792 9 796 13 800 17 804 25 812 29 816 33 820 37 824 41 828 45 832 49 836 57 844 61 848 65 852 69 856 73 860 77 864 81 868 85 872 89 876 93 880 97 884 101 888 109 896 113 900 +321 361 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 1604 1644 8 + 0 1 + 321 1604 325 1608 333 1616 337 1620 341 1624 345 1628 353 1636 357 1640 +223 291 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 684 752 6 + 0 1 + 223 684 227 688 235 696 259 720 271 732 287 748 +372 396 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 1468 1492 4 + 0 1 + 372 1468 376 1472 388 1484 392 1488 +413 433 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 1676 1696 3 + 0 1 + 413 1676 425 1688 429 1692 +222 290 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 1424 1492 13 + 0 2 + 222 1424 226 1428 230 1432 234 1436 238 1440 242 1444 246 1448 250 1452 258 1460 270 1472 274 1476 278 1480 286 1488 +408 448 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 2172 2212 9 + 0 2 + 408 2172 412 2176 420 2184 424 2188 428 2192 432 2196 436 2200 440 2204 444 2208 +367 403 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 2076 2112 7 + 0 2 + 367 2076 371 2080 375 2084 387 2096 391 2100 395 2104 399 2108 +187 219 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 1224 1256 6 + 0 2 + 187 1224 191 1228 199 1236 203 1240 211 1248 215 1252 +68 88 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 132 152 3 + 0 2 + 68 132 72 136 84 148 +322 358 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 864 900 3 + 0 2 + 322 864 350 892 354 896 +229 289 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 1432 1492 13 + 1 0 + 229 1432 233 1436 237 1440 241 1444 245 1448 249 1452 253 1456 257 1460 261 1464 265 1468 273 1476 281 1484 285 1488 +362 406 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 2072 2116 9 + 1 0 + 362 2072 366 2076 370 2080 378 2088 382 2092 390 2100 394 2104 398 2108 402 2112 +411 447 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 2176 2212 7 + 1 0 + 411 2176 415 2180 419 2184 423 2188 427 2192 431 2196 443 2208 +71 87 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 136 152 3 + 1 0 + 71 136 75 140 83 148 +452 528 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 2348 2424 18 + 1 1 + 452 2348 456 2352 460 2356 468 2364 472 2368 476 2372 480 2376 484 2380 488 2384 492 2388 496 2392 500 2396 504 2400 508 2404 512 2408 516 2412 520 2416 524 2420 +122 178 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 1104 1160 14 + 1 1 + 122 1104 126 1108 130 1112 134 1116 138 1120 142 1124 146 1128 150 1132 154 1136 158 1140 162 1144 166 1148 170 1152 174 1156 +123 179 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 388 444 11 + 1 1 + 123 388 127 392 131 396 135 400 139 404 143 408 147 412 151 416 167 432 171 436 175 440 +300 320 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 1544 1564 4 + 1 1 + 300 1544 304 1548 308 1552 316 1560 +1 117 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 788 904 25 + 1 2 + 1 788 5 792 9 796 17 804 25 812 29 816 33 820 37 824 41 828 45 832 49 836 53 840 61 848 65 852 69 856 73 860 77 864 81 868 85 872 89 876 93 880 97 884 101 888 105 892 113 900 +325 361 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 1608 1644 7 + 1 2 + 325 1608 329 1612 337 1620 341 1624 345 1628 349 1632 357 1640 +227 291 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 688 752 6 + 1 2 + 227 688 235 696 247 708 259 720 271 732 287 748 +409 433 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 1672 1696 4 + 1 2 + 409 1672 413 1676 425 1688 429 1692 +372 396 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 1468 1492 3 + 1 2 + 372 1468 384 1480 392 1488 +0 116 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 788 904 25 + 2 0 + 0 788 4 792 8 796 12 800 16 804 28 816 32 820 36 824 40 828 44 832 52 840 56 844 64 852 68 856 72 860 76 864 80 868 84 872 88 876 92 880 96 884 100 888 104 892 108 896 112 900 +218 290 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 680 752 18 + 2 0 + 218 680 222 684 226 688 230 692 234 696 238 700 242 704 246 708 250 712 254 716 258 720 262 724 266 728 270 732 274 736 278 740 282 744 286 748 +367 407 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 1464 1504 10 + 2 0 + 367 1464 371 1468 375 1472 379 1476 383 1480 387 1484 391 1488 395 1492 399 1496 403 1500 +324 360 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 1608 1644 9 + 2 0 + 324 1608 328 1612 332 1616 336 1620 340 1624 344 1628 348 1632 352 1636 356 1640 +412 448 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 1676 1712 8 + 2 0 + 412 1676 416 1680 420 1684 424 1688 428 1692 436 1700 440 1704 444 1708 +295 319 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 800 824 6 + 2 0 + 295 800 299 804 303 808 307 812 311 816 315 820 +221 289 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 1424 1492 17 + 2 1 + 221 1424 225 1428 229 1432 233 1436 237 1440 241 1444 245 1448 249 1452 253 1456 257 1460 261 1464 265 1468 269 1472 273 1476 277 1480 281 1484 285 1488 +362 406 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 2072 2116 11 + 2 1 + 362 2072 366 2076 370 2080 374 2084 378 2088 382 2092 386 2096 390 2100 394 2104 398 2108 402 2112 +321 361 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 864 904 10 + 2 1 + 321 864 325 868 329 872 333 876 337 880 341 884 345 888 349 892 353 896 357 900 +407 447 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 2172 2212 10 + 2 1 + 407 2172 411 2176 415 2180 419 2184 423 2188 427 2192 431 2196 435 2200 439 2204 443 2208 +67 103 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 132 168 8 + 2 1 + 67 132 71 136 75 140 79 144 83 148 87 152 91 156 99 164 +186 218 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 1224 1256 8 + 2 1 + 186 1224 190 1228 194 1232 198 1236 202 1240 206 1244 210 1248 214 1252 +191 215 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 524 548 6 + 2 1 + 191 524 195 528 199 532 203 536 207 540 211 544 +119 187 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 384 452 17 + 2 2 + 119 384 123 388 127 392 131 396 135 400 139 404 143 408 147 412 151 416 155 420 159 424 163 428 167 432 171 436 175 440 179 444 183 448 +118 186 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 1100 1168 17 + 2 2 + 118 1100 122 1104 126 1108 130 1112 134 1116 138 1120 142 1124 146 1128 150 1132 154 1136 158 1140 162 1144 166 1148 170 1152 174 1156 178 1160 182 1164 +452 528 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 2348 2424 17 + 2 2 + 452 2348 456 2352 460 2356 464 2360 468 2364 472 2368 476 2372 480 2376 488 2384 496 2392 500 2396 504 2400 508 2404 512 2408 516 2412 520 2416 524 2420 +449 477 input/creaGeno.2bit:hCreaGeno 1780 1808 7 + 2 2 + 449 1780 453 1784 457 1788 461 1792 465 1796 469 1800 473 1804 +292 320 input/creaGeno.2bit:mCreatGeno 1536 1564 7 + 2 2 + 292 1536 296 1540 300 1544 304 1548 308 1552 312 1556 316 1560 +46 matches