0b90c5052025ceeea65ca83ee8440c681206d170 angie Tue Mar 1 09:53:52 2022 -0800 Added more IDs from pango-designation diff --git src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv index b50ccb5..b3e529b 100644 --- src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv +++ src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv @@ -1,28 +1,34 @@ ID pango-designation issue number or comment England/ALDP-2F86D33/2021 422 England/QEUH-312A66E/2022 422 England/ALDP-31AE19E/2022 422 England/ALDP-325CFB2/2022 422 OV626513.1 422 OV628319.1 422 OV720067.1 422 OV721520.1 422 EPI_ISL_8166781 422 EPI_ISL_8610834 422 EPI_ISL_8865709 422 EPI_ISL_8898412 422 +EPI_ISL_8438332 437 +EPI_ISL_10262189 437 +EPI_ISL_10263151 437 +EPI_ISL_10263152 437 +EPI_ISL_10261577 437 +EPI_ISL_10305529 437 OM392955.1 439 OM393452.1 439 OM372355.1 439 OM344043.1 439 OM344166.1 439 OM344238.1 439 OM272834.1 439 EPI_ISL_8720194 439 EPI_ISL_8981459 439 EPI_ISL_8981712 439 EPI_ISL_8981824 439 EPI_ISL_9088187 439 EPI_ISL_9147438 439 EPI_ISL_9147935 439 England/PLYM-32FEF76/2022 441 @@ -73,30 +79,34 @@ EPI_ISL_9589270 445 EPI_ISL_9641789 445 EPI_ISL_9681404 445 EPI_ISL_9727711 445 EPI_ISL_9729847 445 EPI_ISL_9732451 445 EPI_ISL_9783055 445 EPI_ISL_9790074 445 EPI_ISL_9813122 445 EPI_ISL_9818970 445 EPI_ISL_9825890 445 EPI_ISL_9827103 445 EPI_ISL_9827194 445 EPI_ISL_9866660 445 EPI_ISL_9996515 445 +EPI_ISL_10106252 445 +EPI_ISL_10348464 445 +EPI_ISL_10357090 445 +EPI_ISL_10388349 445 OV720991.1 445 OV723571.1 445 OV738853.1 445 OV756288.1 445 OV758512.1 445 OV764698.1 445 OV780992.1 445 OV786378.1 445 OV787989.1 445 OV797151.1 445 OV802239.1 445 OV810231.1 445 OV826120.1 445 OV838244.1 445 OV895508.1 445 @@ -160,30 +170,37 @@ EPI_ISL_10209781 447 EPI_ISL_10209717 447 EPI_ISL_10258774 447 EPI_ISL_10260270 447 EPI_ISL_10252933 447 EPI_ISL_10201743 447 EPI_ISL_10259287 447 EPI_ISL_10259103 447 EPI_ISL_10318984 447 EPI_ISL_10349122 447 EPI_ISL_10349073 447 EPI_ISL_10350127 447 EPI_ISL_10350284 447 EPI_ISL_10353954 447 EPI_ISL_10353555 447 +EPI_ISL_10399175 447 +EPI_ISL_10399838 447 +EPI_ISL_10399954 447 +EPI_ISL_10399960 447 +EPI_ISL_10400070 447 +EPI_ISL_10400546 447 +EPI_ISL_10400577 447 EPI_ISL_8465919 448 EPI_ISL_8702247 448 EPI_ISL_8767403 448 EPI_ISL_9065843 448 EPI_ISL_9066877 448 EPI_ISL_9064620 448 EPI_ISL_9007989 448 EPI_ISL_9010513 448 EPI_ISL_9010917 448 EPI_ISL_9120017 448 EPI_ISL_9120205 448 EPI_ISL_9126943 448 EPI_ISL_8529537 448 EPI_ISL_9163469 448 EPI_ISL_8833007 448 @@ -212,15 +229,169 @@ EPI_ISL_9904247 448 EPI_ISL_9900944 448 EPI_ISL_10064603 448 EPI_ISL_10064569 448 EPI_ISL_10095405 448 EPI_ISL_9973212 449 EPI_ISL_10266422 449 EPI_ISL_10266423 449 EPI_ISL_10266424 449 EPI_ISL_10266425 449 EPI_ISL_10266426 449 EPI_ISL_10266427 449 EPI_ISL_10266428 449 EPI_ISL_10266429 449 EPI_ISL_10148532 449 +EPI_ISL_9118626 454 +EPI_ISL_9177743 454 +EPI_ISL_9317804 454 +EPI_ISL_9360159 454 +EPI_ISL_9374203 454 +EPI_ISL_9442114 454 +EPI_ISL_9561615 454 +EPI_ISL_9640507 454 +EPI_ISL_9640510 454 +EPI_ISL_9680768 454 +EPI_ISL_9685500 454 +EPI_ISL_9723901 454 +EPI_ISL_9724033 454 +EPI_ISL_9726465 454 +EPI_ISL_9778646 454 +EPI_ISL_9780750 454 +EPI_ISL_9785535 454 +EPI_ISL_9789810 454 +EPI_ISL_9837985 454 +EPI_ISL_9839163 454 +EPI_ISL_9841256 454 +EPI_ISL_9865436 454 +EPI_ISL_9865927 454 +EPI_ISL_9866059 454 +EPI_ISL_9867133 454 +EPI_ISL_9871599 454 +EPI_ISL_9874224 454 +EPI_ISL_9875444 454 +EPI_ISL_9888391 454 +EPI_ISL_9888437 454 +EPI_ISL_9890728 454 +EPI_ISL_9891687 454 +EPI_ISL_9894676 454 +EPI_ISL_9896755 454 +EPI_ISL_9991191 454 +EPI_ISL_9991839 454 +EPI_ISL_9992095 454 +EPI_ISL_9993159 454 +EPI_ISL_9993289 454 +EPI_ISL_9995887 454 +EPI_ISL_9996009 454 +EPI_ISL_9996395 454 +EPI_ISL_9998424 454 +EPI_ISL_10004232 454 +EPI_ISL_10035165 454 +EPI_ISL_10048837 454 +EPI_ISL_10049744 454 +EPI_ISL_10055032 454 +EPI_ISL_10055800 454 +EPI_ISL_10056125 454 +EPI_ISL_10057698 454 +EPI_ISL_10057718 454 +EPI_ISL_10106431 454 +EPI_ISL_10106439 454 +EPI_ISL_10106478 454 +EPI_ISL_10108218 454 +EPI_ISL_10109693 454 +EPI_ISL_10112261 454 +EPI_ISL_10112394 454 +EPI_ISL_10112876 454 +EPI_ISL_10113327 454 +EPI_ISL_10113552 454 +EPI_ISL_10119827 454 +EPI_ISL_10125100 454 +EPI_ISL_10181370 454 +EPI_ISL_10192281 454 +EPI_ISL_10192418 454 +EPI_ISL_10193674 454 +EPI_ISL_10196334 454 +EPI_ISL_10198019 454 +EPI_ISL_10198363 454 +EPI_ISL_10198524 454 +EPI_ISL_10200051 454 +EPI_ISL_10242764 454 +EPI_ISL_10243273 454 +EPI_ISL_10243417 454 +EPI_ISL_10243480 454 +EPI_ISL_10243794 454 +EPI_ISL_10244013 454 +EPI_ISL_10245193 454 +EPI_ISL_10245373 454 +EPI_ISL_10245469 454 +EPI_ISL_10245618 454 +EPI_ISL_10245701 454 +EPI_ISL_10245725 454 +EPI_ISL_10245766 454 +EPI_ISL_10246087 454 +EPI_ISL_10246410 454 +EPI_ISL_10284540 454 +EPI_ISL_10284555 454 +EPI_ISL_10284600 454 +EPI_ISL_10284865 454 +EPI_ISL_10286915 454 +EPI_ISL_10287255 454 +EPI_ISL_10287386 454 +EPI_ISL_10287399 454 +EPI_ISL_10336103 454 +EPI_ISL_10338741 454 +EPI_ISL_10339410 454 +EPI_ISL_10413007 454 +EPI_ISL_10413008 454 +EPI_ISL_10413156 454 +EPI_ISL_10413868 454 +EPI_ISL_10413976 454 +EPI_ISL_10414620 454 +EPI_ISL_10414913 454 +EPI_ISL_10415414 454 +EPI_ISL_10415563 454 +EPI_ISL_10416799 454 +EPI_ISL_10417379 454 +EPI_ISL_10417433 454 +EPI_ISL_10417482 454 +EPI_ISL_10417546 454 +EPI_ISL_10417598 454 +EPI_ISL_10417663 454 +EPI_ISL_10418744 454 +EPI_ISL_10422361 454 +EPI_ISL_10424931 454 +EPI_ISL_10425271 454 +EPI_ISL_10425759 454 +EPI_ISL_10426230 454 +EPI_ISL_10427588 454 +EPI_ISL_10428495 454 +EPI_ISL_10428969 454 +EPI_ISL_10436801 454 +EPI_ISL_10453987 454 +EPI_ISL_10454010 454 +EPI_ISL_10454071 454 +EPI_ISL_10461587 454 +EPI_ISL_10463221 454 +EPI_ISL_10463311 454 +EPI_ISL_10463579 454 +EPI_ISL_10463690 454 +EPI_ISL_10463709 454 +EPI_ISL_10463872 454 +EPI_ISL_10464667 454 +EPI_ISL_10466511 454 +EPI_ISL_10471384 454 +EPI_ISL_10473104 454 +EPI_ISL_10473814 454 +EPI_ISL_10474531 454 +EPI_ISL_10477146 454 +EPI_ISL_10482059 454 +EPI_ISL_10484416 454 +EPI_ISL_10488502 454 +OV774910.1 454 +OV783131.1 454 +OV815899.1 454 +OV818161.1 454 +OV822541.1 454 +OV840742.1 454 +OV869399.1 454 +OV894188.1 454 +OV894331.1 454