914fa0581c7c17a37b1d598c92a4e42e427d1bcb angie Sun Feb 27 12:02:01 2022 -0800 Adding more IDs from pango-designation issues. diff --git src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv index ce4e174..b50ccb5 100644 --- src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv +++ src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv @@ -1,150 +1,226 @@ ID pango-designation issue number or comment England/ALDP-2F86D33/2021 422 England/QEUH-312A66E/2022 422 England/ALDP-31AE19E/2022 422 England/ALDP-325CFB2/2022 422 OV626513.1 422 OV628319.1 422 OV720067.1 422 OV721520.1 422 EPI_ISL_8166781 422 EPI_ISL_8610834 422 EPI_ISL_8865709 422 EPI_ISL_8898412 422 OM392955.1 439 OM393452.1 439 OM372355.1 439 OM344043.1 439 OM344166.1 439 OM344238.1 439 OM272834.1 439 EPI_ISL_8720194 439 EPI_ISL_8981459 439 EPI_ISL_8981712 439 EPI_ISL_8981824 439 EPI_ISL_9088187 439 EPI_ISL_9147438 439 EPI_ISL_9147935 439 England/PLYM-32FEF76/2022 441 England/PLYM-332E079/2022 441 England/PLYM-332E510/2022 441 England/PLYM-336A651/2022 441 England/PLYM-33BB5CD/2022 441 OV757286.1 441 OV758622.1 441 OV768982.1 441 OV781287.1 441 +OV807225.1 441 EPI_ISL_9125312 441 EPI_ISL_9175215 441 EPI_ISL_9026013 441 EPI_ISL_9062592 441 EPI_ISL_9296739 441 EPI_ISL_9959921 444 EPI_ISL_9879437 444 EPI_ISL_9879436 444 EPI_ISL_9863764 444 EPI_ISL_9857381 444 EPI_ISL_9791275 444 EPI_ISL_9449070 444 EPI_ISL_9166910 444 EPI_ISL_9518370 444 EPI_ISL_9791300 444 EPI_ISL_10096770 444 EPI_ISL_10014373 444 EPI_ISL_10207240 444 EPI_ISL_10210832 444 +EPI_ISL_10352397 444 +EPI_ISL_8894978 445 +EPI_ISL_8899193 445 +EPI_ISL_8964736 445 +EPI_ISL_9024950 445 +EPI_ISL_9027096 445 +EPI_ISL_9074902 445 +EPI_ISL_9174471 445 +EPI_ISL_9247732 445 +EPI_ISL_9254198 445 +EPI_ISL_9256573 445 +EPI_ISL_9284798 445 +EPI_ISL_9296126 445 +EPI_ISL_9310093 445 +EPI_ISL_9399416 445 +EPI_ISL_9411495 445 +EPI_ISL_9589270 445 +EPI_ISL_9641789 445 +EPI_ISL_9681404 445 +EPI_ISL_9727711 445 +EPI_ISL_9729847 445 +EPI_ISL_9732451 445 +EPI_ISL_9783055 445 +EPI_ISL_9790074 445 +EPI_ISL_9813122 445 +EPI_ISL_9818970 445 +EPI_ISL_9825890 445 +EPI_ISL_9827103 445 +EPI_ISL_9827194 445 +EPI_ISL_9866660 445 +EPI_ISL_9996515 445 +OV720991.1 445 +OV723571.1 445 +OV738853.1 445 +OV756288.1 445 +OV758512.1 445 +OV764698.1 445 +OV780992.1 445 +OV786378.1 445 +OV787989.1 445 +OV797151.1 445 +OV802239.1 445 +OV810231.1 445 +OV826120.1 445 +OV838244.1 445 +OV895508.1 445 EPI_ISL_8922263 447 EPI_ISL_9010592 447 EPI_ISL_9123271 447 EPI_ISL_9127654 447 EPI_ISL_9127907 447 EPI_ISL_9128667 447 EPI_ISL_9162908 447 EPI_ISL_9166546 447 EPI_ISL_9269735 447 EPI_ISL_9270822 447 EPI_ISL_9365440 447 EPI_ISL_9365916 447 EPI_ISL_9367129 447 EPI_ISL_9410195 447 EPI_ISL_9447008 447 EPI_ISL_9564674 447 EPI_ISL_9653239 447 EPI_ISL_9653274 447 EPI_ISL_9653281 447 EPI_ISL_9654269 447 EPI_ISL_9655126 447 EPI_ISL_9691301 447 EPI_ISL_9691377 447 EPI_ISL_9691944 447 EPI_ISL_9785347 447 EPI_ISL_9855246 447 EPI_ISL_9856140 447 EPI_ISL_9856155 447 EPI_ISL_9856373 447 EPI_ISL_9856903 447 EPI_ISL_9859266 447 EPI_ISL_9859700 447 EPI_ISL_9904514 447 EPI_ISL_9972044 447 EPI_ISL_9972435 447 EPI_ISL_10011794 447 EPI_ISL_10013280 447 EPI_ISL_10015023 447 EPI_ISL_10015592 447 EPI_ISL_10061537 447 EPI_ISL_10061733 447 EPI_ISL_10064112 447 EPI_ISL_10067433 447 EPI_ISL_10093421 447 EPI_ISL_10093473 447 EPI_ISL_10093584 447 EPI_ISL_10094142 447 EPI_ISL_10094405 447 EPI_ISL_10094657 447 EPI_ISL_10095412 447 EPI_ISL_10095522 447 EPI_ISL_10095577 447 EPI_ISL_10095630 447 +EPI_ISL_10203736 447 +EPI_ISL_10203572 447 +EPI_ISL_10203835 447 +EPI_ISL_10216164 447 +EPI_ISL_10209781 447 +EPI_ISL_10209717 447 +EPI_ISL_10258774 447 +EPI_ISL_10260270 447 +EPI_ISL_10252933 447 +EPI_ISL_10201743 447 +EPI_ISL_10259287 447 +EPI_ISL_10259103 447 +EPI_ISL_10318984 447 +EPI_ISL_10349122 447 +EPI_ISL_10349073 447 +EPI_ISL_10350127 447 +EPI_ISL_10350284 447 +EPI_ISL_10353954 447 +EPI_ISL_10353555 447 EPI_ISL_8465919 448 EPI_ISL_8702247 448 EPI_ISL_8767403 448 EPI_ISL_9065843 448 EPI_ISL_9066877 448 EPI_ISL_9064620 448 EPI_ISL_9007989 448 EPI_ISL_9010513 448 EPI_ISL_9010917 448 EPI_ISL_9120017 448 EPI_ISL_9120205 448 EPI_ISL_9126943 448 EPI_ISL_8529537 448 EPI_ISL_9163469 448 EPI_ISL_8833007 448 EPI_ISL_8833093 448 EPI_ISL_9167531 448 EPI_ISL_8887203 448 EPI_ISL_8926995 448 EPI_ISL_8925096 448 EPI_ISL_9237843 448 EPI_ISL_9238597 448 EPI_ISL_9243151 448 EPI_ISL_9238464 448 EPI_ISL_9236009 448 EPI_ISL_9270778 448 EPI_ISL_9358935 448 EPI_ISL_9358324 448 EPI_ISL_9411270 448 EPI_ISL_9454346 448 EPI_ISL_9504399 448 EPI_ISL_9495907 448 EPI_ISL_9652491 448 EPI_ISL_9653598 448 EPI_ISL_9854699 448 EPI_ISL_9855785 448 EPI_ISL_9898451 448 EPI_ISL_9904247 448 EPI_ISL_9900944 448 EPI_ISL_10064603 448 EPI_ISL_10064569 448 EPI_ISL_10095405 448 +EPI_ISL_9973212 449 +EPI_ISL_10266422 449 +EPI_ISL_10266423 449 +EPI_ISL_10266424 449 +EPI_ISL_10266425 449 +EPI_ISL_10266426 449 +EPI_ISL_10266427 449 +EPI_ISL_10266428 449 +EPI_ISL_10266429 449 +EPI_ISL_10148532 449