9be0c7e4b3f76f5dcf979c2469e05b9ee20b2fab
angie
  Mon Oct 10 15:47:00 2022 -0700
Adding recent recombinants that required explicit inclusion.

diff --git src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv
index 173b72e..467a47a 100644
--- src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv
+++ src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv
@@ -1472,33 +1472,69 @@
 EPI_ISL_13937107	823	XAK
 EPI_ISL_13937273	823	XAK
 EPI_ISL_13937536	823	XAK
 EPI_ISL_13938846	823	XAK
 EPI_ISL_13938960	823	XAK
 EPI_ISL_13939246	823	XAK
 EPI_ISL_13939997	823	XAK
 EPI_ISL_13941569	823	XAK
 EPI_ISL_13942052	823	XAK
 EPI_ISL_13943854	823	XAK
 EPI_ISL_13943861	823	XAK
 EPI_ISL_13944742	823	XAK
 EPI_ISL_13945288	823	XAK
 EPI_ISL_13952188	823	XAK
 EPI_ISL_13952189	823	XAK
-EPI_ISL_13830375	844	
-EPI_ISL_13830376	844	
-EPI_ISL_13830377	844	
-EPI_ISL_13830378	844	
-EPI_ISL_13830379	844	
-EPI_ISL_13830380	844	
-EPI_ISL_13843609	844	
-EPI_ISL_13913050	844
-EPI_ISL_14585888	844
-EPI_ISL_14585891	844
-EPI_ISL_14112354	844	
+EPI_ISL_13830375	844	XAY
+EPI_ISL_13830376	844	XAY
+EPI_ISL_13830377	844	XAY
+EPI_ISL_13830378	844	XAY
+EPI_ISL_13830379	844	XBA
+EPI_ISL_13830380	844	XBA
+EPI_ISL_13843609	844	XBA
+EPI_ISL_13913050	844	XAY
+EPI_ISL_14585888	844	XAY
+EPI_ISL_14585891	844	XAY
+EPI_ISL_14112354	844	XBA
+EPI_ISL_14728611	844	XAY
+EPI_ISL_15155569	844	XAY
 EPI_ISL_13638513	895	XAW
 EPI_ISL_13638520	895	XAW
 EPI_ISL_14160830	895	XAW
 EPI_ISL_14160831	895	XAW
 EPI_ISL_14160872	895	XAW
 EPI_ISL_14424103	895	XAW
 EPI_ISL_14547668	895	XAW
+EPI_ISL_14901312	895	XAW
+EPI_ISL_14901333	895	XAW
+EPI_ISL_14901335	895	XAW
+EPI_ISL_14901337	895	XAW
+EPI_ISL_14901354	895	XAW
+EPI_ISL_14901367	895	XAW
+EPI_ISL_14901370	895	XAW
+EPI_ISL_14901371	895	XAW
+EPI_ISL_14901374	895	XAW
+EPI_ISL_14909092	895	XAW
+EPI_ISL_14891630	1058	XBB
+EPI_ISL_14914848	1058	XBB
+EPI_ISL_14914850	1058	XBB
+EPI_ISL_14917652	1058	XBB
+EPI_ISL_14917728	1058	XBB
+EPI_ISL_14917761	1058	XBB
+EPI_ISL_15000639	1058	XBB
+EPI_ISL_15010755	1058	XBB
+EPI_ISL_15031191	1058	XBB
+EPI_ISL_15031192	1058	XBB
+EPI_ISL_15031193	1058	XBB
+EPI_ISL_15031194	1058	XBB
+EPI_ISL_15031199	1058	XBB
+EPI_ISL_15031200	1058	XBB
+EPI_ISL_15031201	1058	XBB
+EPI_ISL_15031202	1058	XBB
+EPI_ISL_15031899	1058	XBB
+EPI_ISL_15057245	1100	XBC
+EPI_ISL_15057248	1100	XBC
+EPI_ISL_15057614	1100	XBC
+EPI_ISL_15057246	1100	XBC
+EPI_ISL_15057247	1100	XBC
+EPI_ISL_15102716	1100	XBC
+EPI_ISL_15103168	1100	XBC