291e6e7839cc6f1410d077b50cf71da83b5fa27a braney Mon Oct 10 16:16:52 2022 -0700 rebuild to get monkeypox virus included diff --git src/hg/js/dbDbTaxonomy.js src/hg/js/dbDbTaxonomy.js index db5b50e..2aba13f 100644 --- src/hg/js/dbDbTaxonomy.js +++ src/hg/js/dbDbTaxonomy.js @@ -68,32 +68,31 @@ [ ["Proboscis monkey", 43780, "Nasalis larvatus" ] ] ], ["Rhinopithecus", 542827, null, [ ["Black snub-nosed monkey", 61621, "Rhinopithecus bieti" ], ["Golden snub-nosed monkey", 61622, "Rhinopithecus roxellana" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Platyrrhini", 9479, null, [ ["Aotidae", 376918, null, [ ["Aotus", 9504, null, [ ["Ma's night monkey", 37293, "Aotus nancymaae" ] ] ] ] ], ["Cebidae", 9498, null, [ ["Callitrichinae", 9480, null, [ ["Callithrix", 9481, null, [ ["Callithrix", 1965096, null, [ ["Marmoset", 9483, "Callithrix jacchus" ] ] ] ] ] ] ], ["Cebinae", 38070, null, [ ["Cebus", 9513, null, - [ ["Cebus capucinus", 9516, null, - [ ["White-faced sapajou", 1737458, "Cebus capucinus imitator" ] ] ] ] ] ] ], + [ ["White-faced sapajou", 2715852, "Cebus imitator" ] ] ] ] ], ["Saimiriinae", 378850, null, [ ["Saimiri", 9520, null, [ ["Saimiri boliviensis", 27679, null, [ ["Squirrel monkey", 39432, "Saimiri boliviensis boliviensis" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Tarsiiformes", 376912, null, [ ["Tarsiidae", 9475, null, [ ["Carlito", 1868481, null, [ ["Tarsier", 1868482, "Carlito syrichta" ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Strepsirrhini", 376911, null, [ ["Lemuriformes", 376915, null, [ ["Cheirogaleidae", 30615, null, [ ["Microcebus", 13149, null, [ ["Mouse lemur", 30608, "Microcebus murinus" ] ] ] ] ], ["Indriidae", 30599, null, [ ["Propithecus", 30600, null, @@ -239,33 +238,32 @@ [ ["Sperm whale", 9755, "Physeter catodon" ] ] ] ] ] ] ], ["Mysticeti", 9761, null, [ ["Balaenopteridae", 9765, null, [ ["Balaenoptera", 9766, null, [ ["Balaenoptera acutorostrata", 9767, null, [ ["Minke whale", 310752, "Balaenoptera acutorostrata scammoni" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Tylopoda", 9834, null, [ ["Camelidae", 9835, null, [ ["Camelus", 9836, null, [ ["Bactrian camel", 419612, "Camelus ferus" ] ] ], ["Vicugna", 30539, null, [ ["Alpaca", 30538, "Vicugna pacos" ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Perissodactyla", 9787, null, [ ["Equidae", 9788, null, [ ["Equus", 9789, null, - [ ["Equus", 35510, null, [ ["Horse", 9796, "Equus caballus" ], - ["Przewalski horse", 9798, "Equus przewalskii" ] ] ] ] ] ] ], + ["Przewalski horse", 9798, "Equus przewalskii" ] ] ] ] ], ["Rhinocerotidae", 9803, null, [ ["Ceratotherium", 9806, null, [ ["Ceratotherium simum", 9807, null, [ ["White rhinoceros", 73337, "Ceratotherium simum simum" ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Carnivora", 33554, null, [ ["Caniformia", 379584, null, [ ["Canidae", 9608, null, [ ["Canis", 9611, null, [ ["Canis lupus", 9612, null, [ ["Dog", 9615, "Canis lupus familiaris" ] ] ] ] ] ] ], ["Odobenidae", 9705, null, [ ["Odobenus", 9706, null, [ ["Odobenus rosmarus", 9707, null, [ ["Pacific walrus", 9708, "Odobenus rosmarus divergens" ] ] ] ] ] ] ], ["Mustelidae", 9655, null, @@ -476,49 +474,50 @@ [ ["Tinamus", 30467, null, [ ["White throated tinamou", 94827, "Tinamus guttatus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Crocodylia", 1294634, null, [ ["Alligatoridae", 1294636, null, [ ["Alligatorinae", 34915, null, [ ["Alligator", 8495, null, [ ["American alligator", 8496, "Alligator mississippiensis" ] ] ] ] ] ] ], ["Longirostres", 1298654, null, [ ["Crocodylidae", 8493, null, [ ["Crocodylus", 8500, null, [ ["Saltwater crocodile", 8502, "Crocodylus porosus" ] ] ] ] ], ["Gavialidae", 1294635, null, [ ["Gavialinae", 94833, null, [ ["Gavialis", 94834, null, [ ["Gharial", 94835, "Gavialis gangeticus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Testudines", 8459, null, + ["Testudinata", 2841271, null, + [ ["Testudines", 8459, null, [ ["Cryptodira", 8464, null, [ ["Durocryptodira", 1579337, null, [ ["Americhelydia", 1579336, null, [ ["Chelonioidea", 27791, null, [ ["Cheloniidae", 8465, null, [ ["Chelonia", 8468, null, [ ["Green seaturtle", 8469, "Chelonia mydas" ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Testudinoidea", 8486, null, [ ["Emydidae", 8476, null, [ ["Chrysemys", 8477, null, [ ["Chrysemys picta", 8479, null, [ ["Painted turtle", 8478, "Chrysemys picta bellii" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Trionychia", 1579275, null, [ ["Trionychidae", 34907, null, [ ["Apalone", 55533, null, [ ["Spiny softshell turtle", 55534, "Apalone spinifera" ] ] ], ["Pelodiscus", 204969, null, - [ ["Chinese softshell turtle", 13735, "Pelodiscus sinensis" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + [ ["Chinese softshell turtle", 13735, "Pelodiscus sinensis" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Lepidosauria", 8504, null, [ ["Squamata", 8509, null, [ ["Bifurcata", 1329961, null, [ ["Unidentata", 1329950, null, [ ["Episquamata", 1329912, null, [ ["Toxicofera", 1329911, null, [ ["Iguania", 8511, null, [ ["Dactyloidae", 2024747, null, [ ["Anolis", 28376, null, [ ["Lizard", 28377, "Anolis carolinensis" ] ] ] ] ] ] ], ["Serpentes", 8570, null, [ ["Colubroidea", 34989, null, [ ["Colubridae", 8578, null, [ ["Natricinae", 169862, null, [ ["Thamnophis", 34999, null, @@ -550,33 +549,34 @@ [ ["Coelacanthidae", 7895, null, [ ["Latimeria", 7896, null, [ ["Coelacanth", 7897, "Latimeria chalumnae" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Actinopterygii", 7898, null, [ ["Actinopteri", 186623, null, [ ["Neopterygii", 41665, null, [ ["Teleostei", 32443, null, [ ["Osteoglossocephalai", 1489341, null, [ ["Clupeocephala", 186625, null, [ ["Otomorpha", 186634, null, [ ["Ostariophysi", 32519, null, [ ["Otophysi", 186626, null, [ ["Cypriniphysae", 186627, null, [ ["Cypriniformes", 7952, null, [ ["Cyprinoidei", 30727, null, - [ ["Cyprinidae", 7953, null, + [ ["Danionidae", 2743709, null, + [ ["Danioninae", 2743711, null, [ ["Danio", 7954, null, - [ ["Zebrafish", 7955, "Danio rerio" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + [ ["Zebrafish", 7955, "Danio rerio" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Characiphysae", 186628, null, [ ["Characiformes", 7991, null, [ ["Characoidei", 1489739, null, [ ["Characidae", 7992, null, [ ["Stethaprioninae", 42595, null, [ ["Astyanax", 7993, null, [ ["Mexican tetra (cavefish)", 7994, "Astyanax mexicanus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Euteleosteomorpha", 1489388, null, [ ["Neoteleostei", 123365, null, [ ["Eurypterygia", 123366, null, [ ["Ctenosquamata", 123367, null, [ ["Acanthomorphata", 123368, null, [ ["Euacanthomorphacea", 123369, null, [ ["Percomorphaceae", 1489872, null, [ ["Carangaria", 1489904, null, @@ -651,31 +651,31 @@ ["Maylandia", 143623, null, [ ["Maylandia zebra complex", 57445, null, [ ["Zebra mbuna", 106582, "Maylandia zebra" ] ] ] ] ], ["Pundamilia", 195936, null, [ ["Pundamilia nyererei", 303518, "Pundamilia nyererei" ] ] ] ] ], ["Lamprologini", 319069, null, [ ["Neolamprologus", 32506, null, [ ["Princess of Burundi", 32507, "Neolamprologus brichardi" ] ] ] ] ], ["Oreochromini", 1315725, null, [ ["Oreochromis", 8139, null, [ ["Nile tilapia", 8128, "Oreochromis niloticus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Ovalentaria incertae sedis", 1489909, null, [ ["Pomacentridae", 30863, null, [ ["Stegastes", 80992, null, [ ["Bicolor damselfish", 144197, "Stegastes partitus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Paracanthomorphacea", 1489838, null, + ["Paracanthopterygii", 1489838, null, [ ["Zeiogadaria", 1489841, null, [ ["Gadariae", 1489843, null, [ ["Gadiformes", 8043, null, [ ["Gadoidei", 1489845, null, [ ["Gadidae", 8045, null, [ ["Gadus", 8048, null, [ ["Atlantic cod", 8049, "Gadus morhua" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Protacanthopterygii", 41705, null, [ ["Esociformes", 8007, null, [ ["Esocidae", 8008, null, [ ["Esox", 8009, null, [ ["Northern pike", 8010, "Esox lucius" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Holostei", 1489100, null, [ ["Semionotiformes", 7914, null, [ ["Lepisosteidae", 7915, null, @@ -689,58 +689,58 @@ [ ["Elephant shark", 7868, "Callorhinchus milii" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Cyclostomata", 1476529, null, [ ["Hyperoartia", 117569, null, [ ["Petromyzontiformes", 7745, null, [ ["Petromyzontidae", 7746, null, [ ["Petromyzon", 7756, null, [ ["Lamprey", 7757, "Petromyzon marinus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Cephalochordata", 7735, null, [ ["Leptocardii", 2682552, null, [ ["Amphioxiformes", 2682553, null, [ ["Branchiostomidae", 7736, null, [ ["Branchiostoma", 7737, null, [ ["Lancelet", 7739, "Branchiostoma floridae" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Tunicata", 7712, null, [ ["Ascidiacea", 7713, null, - [ ["Enterogona", 183770, null, [ ["Phlebobranchia", 7716, null, [ ["Cionidae", 7717, null, [ ["Ciona", 7718, null, [ ["C. intestinalis", 7719, "Ciona intestinalis" ], - ["C. savignyi", 51511, "Ciona savignyi" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["C. savignyi", 51511, "Ciona savignyi" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Echinodermata", 7586, null, [ ["Eleutherozoa", 133551, null, [ ["Echinozoa", 7624, null, [ ["Echinoidea", 7625, null, [ ["Euechinoidea", 7638, null, [ ["Echinacea", 7674, null, - [ ["Echinoida", 7675, null, + [ ["Camarodonta", 2785018, null, + [ ["Echinidea", 7675, null, [ ["Strongylocentrotidae", 31181, null, [ ["Strongylocentrotus", 7664, null, - [ ["S. purpuratus", 7668, "Strongylocentrotus purpuratus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + [ ["S. purpuratus", 7668, "Strongylocentrotus purpuratus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Protostomia", 33317, null, [ ["Ecdysozoa", 1206794, null, [ ["Panarthropoda", 88770, null, [ ["Arthropoda", 6656, null, [ ["Mandibulata", 197563, null, [ ["Pancrustacea", 197562, null, [ ["Hexapoda", 6960, null, [ ["Insecta", 50557, null, [ ["Dicondylia", 85512, null, [ ["Pterygota", 7496, null, [ ["Neoptera", 33340, null, - [ ["Holometabola", 33392, null, + [ ["Endopterygota", 33392, null, [ ["Diptera", 7147, null, [ ["Brachycera", 7203, null, [ ["Muscomorpha", 43733, null, [ ["Eremoneura", 480118, null, [ ["Cyclorrhapha", 480117, null, [ ["Schizophora", 43738, null, [ ["Acalyptratae", 43741, null, [ ["Ephydroidea", 43746, null, [ ["Drosophilidae", 7214, null, [ ["Drosophilinae", 43845, null, [ ["Drosophilini", 46877, null, [ ["Drosophila", 7215, null, [ ["Sophophora", 32341, null, [ ["melanogaster group", 32346, null, [ ["melanogaster subgroup", 32351, null, @@ -914,31 +914,31 @@ ["Enoplea", 119088, null, [ ["Dorylaimia", 1457286, null, [ ["Trichinellida", 6329, null, [ ["Trichinellidae", 6332, null, [ ["Trichinella", 6333, null, [ ["Trichinella", 6334, "Trichinella spiralis" ] ] ] ] ], ["Trichuridae", 119093, null, [ ["Trichuris", 36086, null, [ ["Whipworm", 68888, "Trichuris suis" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Spiralia", 2697495, null, [ ["Lophotrochozoa", 1206795, null, [ ["Mollusca", 6447, null, [ ["Gastropoda", 6448, null, [ ["Heterobranchia", 216305, null, [ ["Euthyneura", 216307, null, - [ ["Euopisthobranchia", 6496, null, + [ ["Tectipleura", 2836391, null, [ ["Aplysiida", 6497, null, [ ["Aplysioidea", 216318, null, [ ["Aplysiidae", 6498, null, [ ["Aplysia", 6499, null, [ ["Sea hare", 6500, "Aplysia californica" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Cnidaria", 6073, null, [ ["Anthozoa", 6101, null, [ ["Hexacorallia", 6102, null, [ ["Actiniaria", 6103, null, [ ["Edwardsiidae", 45349, null, [ ["Nematostella", 45350, null, [ ["Starlet sea anemone", 45351, "Nematostella vectensis" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Fungi", 4751, null, [ ["Dikarya", 451864, null, [ ["Ascomycota", 4890, null, @@ -960,69 +960,90 @@ [ ["Plasmodium (Laverania)", 418107, null, [ ["P. falciparum", 5833, "Plasmodium falciparum", [ ["Plasmodium falciparum 3d7", 36329, "Plasmodium falciparum 3D7" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Ciliophora", 5878, null, [ ["Intramacronucleata", 431838, null, [ ["Spirotrichea", 33829, null, [ ["Stichotrichia", 194286, null, [ ["Sporadotrichida", 693921, null, [ ["Oxytrichidae", 57506, null, [ ["Oxytrichinae", 1001750, null, [ ["Oxytricha", 5943, null, [ ["Oxytricha trifallax", 1172189, "Oxytricha trifallax" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Bacteria", 2, null, [ ["Proteobacteria", 1224, null, [ ["Gammaproteobacteria", 1236, null, - [ ["Pseudomonadales", 72274, null, + [ ["Moraxellales", 2887326, null, [ ["Moraxellaceae", 468, null, [ ["Acinetobacter", 469, null, [ ["Acinetobacter calcoaceticus/baumannii complex", 909768, null, [ ["Acinetobacter baumannii", 470, null, [ ["Acinetobacter baumannii", 1100841, "Acinetobacter baumannii TYTH-1" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Terrabacteria group", 1783272, null, [ ["Firmicutes", 1239, null, [ ["Bacilli", 91061, null, [ ["Bacillales", 1385, null, [ ["Staphylococcaceae", 90964, null, [ ["Staphylococcus", 1279, null, [ ["Staphylococcus aureus", 1280, null, - [ ["Staphylococcus aureus subsp. aureus", 46170, null, [ ["Staph", 93061, "Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325" ], ["Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300", 367830, null, - [ ["Staph", 451515, "Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_FPR3757" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + [ ["Staph", 451515, "Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_FPR3757" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], ["Viruses", 10239, null, [ ["Riboviria", 2559587, null, + [ ["Orthornavirae", 2732396, null, [ ["Negarnaviricota", 2497569, null, [ ["Haploviricotina", 2497570, null, [ ["Monjiviricetes", 2497574, null, [ ["Mononegavirales", 11157, null, [ ["Filoviridae", 11266, null, [ ["Ebolavirus", 186536, null, [ ["Ebola virus", 186538, "Zaire ebolavirus" ], ["Bundibugyo ebolavirus", 565995, "Bundibugyo ebolavirus" ], ["Reston ebolavirus", 186539, "Reston ebolavirus" ], ["Sudan ebolavirus", 186540, "Sudan ebolavirus" ], ["Tai forest ebolavirus", 186541, "Tai Forest ebolavirus" ] ] ], ["Marburgvirus", 186537, null, [ ["Marburg virus", 11269, "Marburg marburgvirus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Nidovirales", 76804, null, + ["Pisuviricota", 2732408, null, + [ ["Pisoniviricetes", 2732506, null, + [ ["Nidovirales", 76804, null, [ ["Cornidovirineae", 2499399, null, [ ["Coronaviridae", 11118, null, [ ["Orthocoronavirinae", 2501931, null, [ ["Betacoronavirus", 694002, null, [ ["Sarbecovirus", 2509511, null, - [ ["SARS coronavirus", 694009, "Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus" ] ] ], - ["unclassified Betacoronavirus", 696098, null, - [ ["SARS-CoV-2", 2697049, "Severe acute respiratory syndrome (COVID-19) coronavirus 2" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Hepadnaviridae", 10404, null, + [ ["Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus", 694009, null, + [ ["SARS-CoV-2", 2697049, "Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2" ], + ["Severe acute respiratory syndrome coronavirus", 2901879, null, + [ ["SARS coronavirus", 227984, "SARS coronavirus Tor2" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Pararnavirae", 2732397, null, + [ ["Artverviricota", 2732409, null, + [ ["Revtraviricetes", 2732514, null, + [ ["Blubervirales", 2732515, null, + [ ["Hepadnaviridae", 10404, null, [ ["Orthohepadnavirus", 10405, null, - [ ["Hbv", 10407, "Hepatitis B virus" ] ] ] ] ], + [ ["Hbv", 10407, "Hepatitis B virus" ] ] ] ] ] ] ], ["Ortervirales", 2169561, null, [ ["Retroviridae", 11632, null, [ ["Orthoretrovirinae", 327045, null, [ ["Betaretrovirus", 140052, null, - [ ["MMTV", 11757, "Mouse mammary tumor virus" ] ] ] ] ] ] ] ] ], - ["Papillomaviridae", 151340, null, + [ ["MMTV", 11757, "Mouse mammary tumor virus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Monodnaviria", 2731342, null, + [ ["Shotokuvirae", 2732092, null, + [ ["Cossaviricota", 2732415, null, + [ ["Papovaviricetes", 2732421, null, + [ ["Zurhausenvirales", 2732533, null, + [ ["Papillomaviridae", 151340, null, [ ["Firstpapillomavirinae", 2169595, null, [ ["Alphapapillomavirus", 333750, null, [ ["Alphapapillomavirus 14", 931244, null, - [ ["Hpv", 333769, "Human papillomavirus type 90" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ]; + [ ["Hpv", 333769, "Human papillomavirus type 90" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ], + ["Varidnaviria", 2732004, null, + [ ["Bamfordvirae", 2732005, null, + [ ["Nucleocytoviricota", 2732007, null, + [ ["Pokkesviricetes", 2732525, null, + [ ["Chitovirales", 2732527, null, + [ ["Poxviridae", 10240, null, + [ ["Chordopoxvirinae", 10241, null, + [ ["Orthopoxvirus", 10242, null, + [ ["Monkeypox virus", 10244, "Monkeypox virus" ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ] ];