7b0c8bb2cb0e36f4b8a3335dfe755586cbdf584f
hiram
  Wed Dec 7 21:32:28 2022 -0800
liftOver per user request 4 to 9 to 4 refs #30301

diff --git src/hg/makeDb/doc/bosTau4.txt src/hg/makeDb/doc/bosTau4.txt
index 26913b4..737cf92 100644
--- src/hg/makeDb/doc/bosTau4.txt
+++ src/hg/makeDb/doc/bosTau4.txt
@@ -1976,17 +1976,41 @@
 #############################################################################
 # LIFTOVER TO bosTau6 (DONE - 2011-10-20 - Chin)
     ssh hgwdev
     cd /hive/data/genomes/bosTau4
 
     ln -s bosTau4.11.ooc 11.ooc
     time nice -n +19 doSameSpeciesLiftOver.pl -verbose=2 \
         -bigClusterHub=swarm -dbHost=hgwdev -workhorse=hgwdev \
          bosTau4 bosTau6 >& doLiftOverToBosTau6.log 2>&1 &
     # real    119m16.934s
 
     pushd /usr/local/apache/htdocs-hgdownload/goldenPath/bosTau4/liftOver/
     md5sum bosTau4ToBosTau6.over.chain.gz >> md5sum.txt
     popd
 
-#########################################################################
-
+##############################################################################
+# LIFTOVER TO bosTau9 (DONE - 2022-12-06 - Hiram)
+    ssh hgwdev
+    mkdir /hive/data/genomes/bosTau4/bed/blat.bosTau9.2022-12-06
+    cd /hive/data/genomes/bosTau4/bed/blat.bosTau9.2022-12-06
+    doSameSpeciesLiftOver.pl -verbose=2 \
+        -debug -bigClusterHub=ku -dbHost=hgwdev -workhorse=hgwdev \
+        -target2Bit=/hive/data/genomes/bosTau4/bosTau4.2bit \
+        -targetSizes=/hive/data/genomes/bosTau4/chrom.sizes \
+        -query2Bit=/hive/data/genomes/bosTau9/bosTau9.2bit \
+        -querySizes=/hive/data/genomes/bosTau9/chrom.sizes \
+        -ooc=/hive/data/genomes/bosTau4/bosTau4.11.ooc \
+         bosTau4 bosTau9
+    time (doSameSpeciesLiftOver.pl -verbose=2 \
+        -bigClusterHub=ku -dbHost=hgwdev -workhorse=hgwdev \
+        -target2Bit=/hive/data/genomes/bosTau4/bosTau4.2bit \
+        -targetSizes=/hive/data/genomes/bosTau4/chrom.sizes \
+        -query2Bit=/hive/data/genomes/bosTau9/bosTau9.2bit \
+        -querySizes=/hive/data/genomes/bosTau9/chrom.sizes \
+        -ooc=/hive/data/genomes/bosTau4/bosTau4.11.ooc \
+         bosTau4 bosTau9) > doLiftOverToBosTau9.log 2>&1
+    # real    963m57.013s
+
+    # see if the liftOver menus function in the browser from bosTau4 to bosTau9
+
+##############################################################################