89f7d08712d352128fc01e2688df63bb188fc56b
angie
  Fri Dec 2 11:10:47 2022 -0800
Adding recent samples

diff --git src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv
index 467a47a..7ffe946 100644
--- src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv
+++ src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv
@@ -1485,30 +1485,31 @@
 EPI_ISL_13952188	823	XAK
 EPI_ISL_13952189	823	XAK
 EPI_ISL_13830375	844	XAY
 EPI_ISL_13830376	844	XAY
 EPI_ISL_13830377	844	XAY
 EPI_ISL_13830378	844	XAY
 EPI_ISL_13830379	844	XBA
 EPI_ISL_13830380	844	XBA
 EPI_ISL_13843609	844	XBA
 EPI_ISL_13913050	844	XAY
 EPI_ISL_14585888	844	XAY
 EPI_ISL_14585891	844	XAY
 EPI_ISL_14112354	844	XBA
 EPI_ISL_14728611	844	XAY
 EPI_ISL_15155569	844	XAY
+EPI_ISL_12268489	844?	XBA?
 EPI_ISL_13638513	895	XAW
 EPI_ISL_13638520	895	XAW
 EPI_ISL_14160830	895	XAW
 EPI_ISL_14160831	895	XAW
 EPI_ISL_14160872	895	XAW
 EPI_ISL_14424103	895	XAW
 EPI_ISL_14547668	895	XAW
 EPI_ISL_14901312	895	XAW
 EPI_ISL_14901333	895	XAW
 EPI_ISL_14901335	895	XAW
 EPI_ISL_14901337	895	XAW
 EPI_ISL_14901354	895	XAW
 EPI_ISL_14901367	895	XAW
 EPI_ISL_14901370	895	XAW
 EPI_ISL_14901371	895	XAW
@@ -1526,15 +1527,73 @@
 EPI_ISL_15031192	1058	XBB
 EPI_ISL_15031193	1058	XBB
 EPI_ISL_15031194	1058	XBB
 EPI_ISL_15031199	1058	XBB
 EPI_ISL_15031200	1058	XBB
 EPI_ISL_15031201	1058	XBB
 EPI_ISL_15031202	1058	XBB
 EPI_ISL_15031899	1058	XBB
 EPI_ISL_15057245	1100	XBC
 EPI_ISL_15057248	1100	XBC
 EPI_ISL_15057614	1100	XBC
 EPI_ISL_15057246	1100	XBC
 EPI_ISL_15057247	1100	XBC
 EPI_ISL_15102716	1100	XBC
 EPI_ISL_15103168	1100	XBC
+EPI_ISL_15333931		XBB.1.3
+EPI_ISL_15465690		XBB.1.3
+EPI_ISL_15465702		XBB.1.3
+EPI_ISL_15465706		XBB.1.3
+EPI_ISL_15465716		XBB.1.3
+EPI_ISL_15469900		XBB.1.3
+EPI_ISL_15469916		XBB.1.3
+EPI_ISL_15469917		XBB.1.3
+EPI_ISL_14807682	1229	
+EPI_ISL_14959369	1229	
+EPI_ISL_15031974	1229	
+EPI_ISL_15136400	1229	
+EPI_ISL_15140939	1229	
+EPI_ISL_15244537	1229	
+EPI_ISL_15244551	1229	
+EPI_ISL_15296261	1229	
+EPI_ISL_15313055	1229	
+EPI_ISL_15330221	1229	
+EPI_ISL_15335186	1229	
+EPI_ISL_15384119	1229	
+EPI_ISL_15385024	1229	
+EPI_ISL_15385056	1229	
+EPI_ISL_15385057	1229	
+EPI_ISL_15407792	1229	
+EPI_ISL_15466089	1229	
+EPI_ISL_15466117	1229	
+EPI_ISL_15466132	1229	
+EPI_ISL_15466143	1229	
+EPI_ISL_15466144	1229	
+EPI_ISL_15466145	1229	
+EPI_ISL_15466146	1229	
+EPI_ISL_15466155	1229	
+EPI_ISL_15466156	1229	
+EPI_ISL_15471061	1229	
+EPI_ISL_15473518	1229	
+EPI_ISL_15517417	1229	
+EPI_ISL_15517418	1229	
+EPI_ISL_15517419	1229	
+EPI_ISL_15519948	1229	
+EPI_ISL_15519981	1229	
+EPI_ISL_15537533	1229	
+EPI_ISL_15538122	1229	
+EPI_ISL_15576845	1229	
+EPI_ISL_15576865	1229	
+EPI_ISL_15576900	1229	
+EPI_ISL_15026956	1268	
+EPI_ISL_15306600	1268	
+EPI_ISL_15306899	1268	
+EPI_ISL_15312824	1268	
+EPI_ISL_15421221	1268	
+EPI_ISL_15482232	1268	
+EPI_ISL_15578495	1268	
+EPI_ISL_15841842	1393	
+EPI_ISL_15853687	1393	
+EPI_ISL_15893272	1393	
+EPI_ISL_15951145	1393	
+EPI_ISL_15976945	1393	
+EPI_ISL_15977006	1393