89f7d08712d352128fc01e2688df63bb188fc56b angie Fri Dec 2 11:10:47 2022 -0800 Adding recent samples diff --git src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv index 467a47a..7ffe946 100644 --- src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv +++ src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv @@ -1485,30 +1485,31 @@ EPI_ISL_13952188 823 XAK EPI_ISL_13952189 823 XAK EPI_ISL_13830375 844 XAY EPI_ISL_13830376 844 XAY EPI_ISL_13830377 844 XAY EPI_ISL_13830378 844 XAY EPI_ISL_13830379 844 XBA EPI_ISL_13830380 844 XBA EPI_ISL_13843609 844 XBA EPI_ISL_13913050 844 XAY EPI_ISL_14585888 844 XAY EPI_ISL_14585891 844 XAY EPI_ISL_14112354 844 XBA EPI_ISL_14728611 844 XAY EPI_ISL_15155569 844 XAY +EPI_ISL_12268489 844? XBA? EPI_ISL_13638513 895 XAW EPI_ISL_13638520 895 XAW EPI_ISL_14160830 895 XAW EPI_ISL_14160831 895 XAW EPI_ISL_14160872 895 XAW EPI_ISL_14424103 895 XAW EPI_ISL_14547668 895 XAW EPI_ISL_14901312 895 XAW EPI_ISL_14901333 895 XAW EPI_ISL_14901335 895 XAW EPI_ISL_14901337 895 XAW EPI_ISL_14901354 895 XAW EPI_ISL_14901367 895 XAW EPI_ISL_14901370 895 XAW EPI_ISL_14901371 895 XAW @@ -1526,15 +1527,73 @@ EPI_ISL_15031192 1058 XBB EPI_ISL_15031193 1058 XBB EPI_ISL_15031194 1058 XBB EPI_ISL_15031199 1058 XBB EPI_ISL_15031200 1058 XBB EPI_ISL_15031201 1058 XBB EPI_ISL_15031202 1058 XBB EPI_ISL_15031899 1058 XBB EPI_ISL_15057245 1100 XBC EPI_ISL_15057248 1100 XBC EPI_ISL_15057614 1100 XBC EPI_ISL_15057246 1100 XBC EPI_ISL_15057247 1100 XBC EPI_ISL_15102716 1100 XBC EPI_ISL_15103168 1100 XBC +EPI_ISL_15333931 XBB.1.3 +EPI_ISL_15465690 XBB.1.3 +EPI_ISL_15465702 XBB.1.3 +EPI_ISL_15465706 XBB.1.3 +EPI_ISL_15465716 XBB.1.3 +EPI_ISL_15469900 XBB.1.3 +EPI_ISL_15469916 XBB.1.3 +EPI_ISL_15469917 XBB.1.3 +EPI_ISL_14807682 1229 +EPI_ISL_14959369 1229 +EPI_ISL_15031974 1229 +EPI_ISL_15136400 1229 +EPI_ISL_15140939 1229 +EPI_ISL_15244537 1229 +EPI_ISL_15244551 1229 +EPI_ISL_15296261 1229 +EPI_ISL_15313055 1229 +EPI_ISL_15330221 1229 +EPI_ISL_15335186 1229 +EPI_ISL_15384119 1229 +EPI_ISL_15385024 1229 +EPI_ISL_15385056 1229 +EPI_ISL_15385057 1229 +EPI_ISL_15407792 1229 +EPI_ISL_15466089 1229 +EPI_ISL_15466117 1229 +EPI_ISL_15466132 1229 +EPI_ISL_15466143 1229 +EPI_ISL_15466144 1229 +EPI_ISL_15466145 1229 +EPI_ISL_15466146 1229 +EPI_ISL_15466155 1229 +EPI_ISL_15466156 1229 +EPI_ISL_15471061 1229 +EPI_ISL_15473518 1229 +EPI_ISL_15517417 1229 +EPI_ISL_15517418 1229 +EPI_ISL_15517419 1229 +EPI_ISL_15519948 1229 +EPI_ISL_15519981 1229 +EPI_ISL_15537533 1229 +EPI_ISL_15538122 1229 +EPI_ISL_15576845 1229 +EPI_ISL_15576865 1229 +EPI_ISL_15576900 1229 +EPI_ISL_15026956 1268 +EPI_ISL_15306600 1268 +EPI_ISL_15306899 1268 +EPI_ISL_15312824 1268 +EPI_ISL_15421221 1268 +EPI_ISL_15482232 1268 +EPI_ISL_15578495 1268 +EPI_ISL_15841842 1393 +EPI_ISL_15853687 1393 +EPI_ISL_15893272 1393 +EPI_ISL_15951145 1393 +EPI_ISL_15976945 1393 +EPI_ISL_15977006 1393