ae198c06b0f8b1c15ae4f28ce3b4ea6000953695
angie
  Mon Oct 23 07:20:00 2023 -0700
More proposed (& designated) recombinants to exempt from too-many-reversions filter.

diff --git src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv
index c1242dd..3698524 100644
--- src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv
+++ src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv
@@ -1678,34 +1678,97 @@
 EPI_ISL_18106845	674	XCM
 EPI_ISL_18118213	674	XCM
 EPI_ISL_18125936	674	XCM
 EPI_ISL_18218415	674	XCM
 EPI_ISL_18220496	674	XCM
 EPI_ISL_18263413	674	XCM
 EPI_ISL_18262219	674	XCM
 EPI_ISL_18098706	2215	
 EPI_ISL_18110467	2215	
 EPI_ISL_18110470	2215	
 EPI_ISL_18119590	2215	
 EPI_ISL_18119920	2215	
 EPI_ISL_18126488	2215	
 EPI_ISL_18138544	2215	
 EPI_ISL_18160866	2215	
-EPI_ISL_18254485	811	
-EPI_ISL_18284092	811	
-EPI_ISL_18316684        811     
-EPI_ISL_18327700        811     
-EPI_ISL_18337266	811	
-EPI_ISL_18337277	811	
-EPI_ISL_18337817	811	
-EPI_ISL_18343383	811     
-EPI_ISL_18222057	839	
-EPI_ISL_18222077	839	
-EPI_ISL_18239120	839	
-EPI_ISL_18275613	839	
-EPI_ISL_18280623	839	
+EPI_ISL_18254485	811	XCT
+EPI_ISL_18284092	811	XCT
+EPI_ISL_18316684	811	XCT
+EPI_ISL_18327700	811	XCT
+EPI_ISL_18337266	811	XCT
+EPI_ISL_18337277	811	XCT
+EPI_ISL_18337817	811	XCT
+EPI_ISL_18343383	811	XCT
+EPI_ISL_18354524	811	XCT
+EPI_ISL_18360399	811	XCT
+EPI_ISL_18363256	811	XCT
+EPI_ISL_18373930	811	XCT
+EPI_ISL_18373939	811	XCT
+EPI_ISL_18388280	811	XCT
+EPI_ISL_18385324	811	XCT
+EPI_ISL_18384901	811	XCT
+EPI_ISL_18384897	811	XCT
+EPI_ISL_18385476	811	XCT
+EPI_ISL_18395595	811	XCT
+EPI_ISL_18392290	811	XCT
+EPI_ISL_18391834	811	XCT
+EPI_ISL_18381777	811	XCT
+EPI_ISL_18391799	811	XCT
+EPI_ISL_18403312	811	XCT
+EPI_ISL_18403342	811	XCT
+EPI_ISL_18403373	811	XCT
+EPI_ISL_18403374	811	XCT
+EPI_ISL_18405163	811	XCT
+EPI_ISL_18406342	811	XCT
+EPI_ISL_18406427	811	XCT
+EPI_ISL_18411444	811	XCT
+EPI_ISL_18411775	811	XCT
+EPI_ISL_18222057	839	XCZ
+EPI_ISL_18222077	839	XCZ
+EPI_ISL_18239120	839	XCZ
+EPI_ISL_18275613	839	XCZ
+EPI_ISL_18280623	839	XCZ
 EPI_ISL_18280389	846	
 EPI_ISL_18285932	846	
 EPI_ISL_18324408	846	
 EPI_ISL_18324447	846	
+EPI_ISL_18352383	846	
 EPI_ISL_18319888	879	
 EPI_ISL_18328986	888	
+EPI_ISL_18346614	2311	
+EPI_ISL_18270079	2311	
+EPI_ISL_18269736	2311	
+EPI_ISL_18270416	2311	
+EPI_ISL_18335686	2311	
+EPI_ISL_18303494	2311	
+EPI_ISL_18303484	2311	
+EPI_ISL_18245778	2311	
+EPI_ISL_18332926	2311	
+EPI_ISL_18360136	2311	
+EPI_ISL_18360089	2311	
+EPI_ISL_18360088	2311	
+EPI_ISL_18302938	2311	
+EPI_ISL_18258632	2311	
+EPI_ISL_18360151	2311	
+EPI_ISL_18360147	2311	
+EPI_ISL_18360126	2311	
+EPI_ISL_18360108	2311	
+EPI_ISL_18360100	2311	
+EPI_ISL_18360094	2311	
+EPI_ISL_18302910	2311	
+EPI_ISL_18360142	2311	
+EPI_ISL_18360119	2311	
+EPI_ISL_18360099	2311	
+EPI_ISL_18373945	944	
+EPI_ISL_18406963	944	
+EPI_ISL_18388867	950	
+EPI_ISL_18388868	950	
+EPI_ISL_18388869	950	
+EPI_ISL_18388870	950	
+EPI_ISL_18386897	950	
+EPI_ISL_18389293	959	
+EPI_ISL_18393248	972	
+EPI_ISL_18395603	972	
+EPI_ISL_18395605	972	
+EPI_ISL_18395606	972	
+EPI_ISL_18406446	972	
+EPI_ISL_18393172	973