9a5ca254d03468faa1557b052349380a7067608e angie Tue Oct 31 09:57:03 2023 -0700 Spare more sequences from the nextclade-based filters. diff --git src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv index 3698524..294b147 100644 --- src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv +++ src/hg/utils/otto/sarscov2phylo/includeRecombinants.tsv @@ -1710,30 +1710,33 @@ EPI_ISL_18385476 811 XCT EPI_ISL_18395595 811 XCT EPI_ISL_18392290 811 XCT EPI_ISL_18391834 811 XCT EPI_ISL_18381777 811 XCT EPI_ISL_18391799 811 XCT EPI_ISL_18403312 811 XCT EPI_ISL_18403342 811 XCT EPI_ISL_18403373 811 XCT EPI_ISL_18403374 811 XCT EPI_ISL_18405163 811 XCT EPI_ISL_18406342 811 XCT EPI_ISL_18406427 811 XCT EPI_ISL_18411444 811 XCT EPI_ISL_18411775 811 XCT +EPI_ISL_18276415 834 +EPI_ISL_18359229 834 +EPI_ISL_18414808 834 EPI_ISL_18222057 839 XCZ EPI_ISL_18222077 839 XCZ EPI_ISL_18239120 839 XCZ EPI_ISL_18275613 839 XCZ EPI_ISL_18280623 839 XCZ EPI_ISL_18280389 846 EPI_ISL_18285932 846 EPI_ISL_18324408 846 EPI_ISL_18324447 846 EPI_ISL_18352383 846 EPI_ISL_18319888 879 EPI_ISL_18328986 888 EPI_ISL_18346614 2311 EPI_ISL_18270079 2311 EPI_ISL_18269736 2311 @@ -1746,29 +1749,37 @@ EPI_ISL_18360136 2311 EPI_ISL_18360089 2311 EPI_ISL_18360088 2311 EPI_ISL_18302938 2311 EPI_ISL_18258632 2311 EPI_ISL_18360151 2311 EPI_ISL_18360147 2311 EPI_ISL_18360126 2311 EPI_ISL_18360108 2311 EPI_ISL_18360100 2311 EPI_ISL_18360094 2311 EPI_ISL_18302910 2311 EPI_ISL_18360142 2311 EPI_ISL_18360119 2311 EPI_ISL_18360099 2311 +EPI_ISL_18342927 935 XCU +EPI_ISL_18361826 935 XCU +EPI_ISL_18361978 935 XCU EPI_ISL_18373945 944 EPI_ISL_18406963 944 EPI_ISL_18388867 950 EPI_ISL_18388868 950 EPI_ISL_18388869 950 EPI_ISL_18388870 950 EPI_ISL_18386897 950 EPI_ISL_18389293 959 EPI_ISL_18393248 972 EPI_ISL_18395603 972 EPI_ISL_18395605 972 EPI_ISL_18395606 972 EPI_ISL_18406446 972 EPI_ISL_18393172 973 +EPI_ISL_18419751 973 +EPI_ISL_18416021 991 +EPI_ISL_18421965 991 +EPI_ISL_18440692 991 +EPI_ISL_18443676 991